台北市政府環保局代燒雲林垃圾，今年1月起至今，共2萬2851噸垃圾，市長柯文哲以環保署的「密件」為由，拒絕向大眾公開相關文件，引起議會國民黨團的反彈，要求柯文哲28日到議會做專案報告。柯文哲表示，1月份是馬政府以密件公函來文，6月份是蔡政府來文要求代燒，柯認為，垃圾處理在台灣是個分工體系，北市每天也常態性將醫療垃圾運到雲林焚燒，如果一天不送過去就完蛋。議員則紛紛質疑，雲林焚化爐長年不啟用，算是「救急救窮」嗎？北市長期委外代燒也不合理，是否能研議自焚醫療廢棄物，而不需仰賴外縣市？
柯文哲:沒有任何縣市可不靠別人，北市也請雲林代燒醫療廢棄物
柯文哲說，台灣目前台灣24座焚化爐，仍有縣市無焚化爐，像是花蓮、台東、南投、 雲林、新竹縣、澎湖、 金門、連江等，就需要外縣市的協助，雲林的垃圾廠因弊案與環評因素，無法啟用，所以由環保署出面調度北市代為焚燒。柯文哲說，「我是個醫生，當時他們拜託我們燒，怕有瘟疫的危險」，北市是依據「救急不救窮」的原則才代為焚燒。且根據《廢棄物清理法》第70條，「得清理轄區以外之廢棄物，直轄市、縣 (市) 主管機關不得限制之」。
此外，柯文哲也提及，北市共有3617家醫療院所，2015年產出的總生物醫療廢棄物，共6191公噸，因北市沒有處理廠，所以全部委外縣市處理，其中有約22%送往雲林燒，另，北市焚燒廠每年產出約10萬頓底渣，但因「垃圾零掩埋」政策，全數委外縣市處理，「目前沒有任何一個縣市可以完全獨立自行處理轄內所有廢棄物」。已建請中央訂定緊急調度辦法。將建議納入公開透明機制，加強與民意溝通，並訂定對等回饋條件(如回運一定比例灰渣)。柯文哲面對藍議員今日要求簽署代燒垃圾必須知會議會的承諾書，表達不願意簽署之意。
市議員陳炳甫:垃圾運來運去，有污染問題
市議員陳炳甫詢問柯文哲，雲林焚化爐的啟用問題如果持續不處理，對北市來說，代燒垃圾是「救窮」還是「救急」呢？他說，如果有一個小孩很窮沒飯吃，政府把錢給他爸爸，但爸爸把錢拿去賭博，這樣市府評斷是「救窮」還是「救急」？市府的專業判斷為何？
陳指出，北市因為沒有處理醫療廢棄物的焚化爐，常態性的把醫療垃圾送到雲林焚燒，這也不太合理，他說，北市應該自己訂定自治條例，用單一事件協助雲林，因為代燒垃圾畢竟還是有觀感問題，且上千車次把垃圾運來台北，燒完的飛灰運回雲林，有污染及危險問題，他問，北市有沒有辦法把其中一個焚化爐，變成醫療廢棄物的爐？
民進黨市議員李建昌:2002年SARS，是雲林縣替天龍國焚燒醫療廢棄物
對此，北投焚化廠廠長傅良枝表示，醫療廢棄物的處理與一般家庭廢棄物處理有別，是另一個蒐集保存與處理體系，包括冷藏冷凍、滅菌、密閉移交等感染性問題，此外，北投、內湖、木柵垃圾廠的爐溫與推移速率都不足，另有適法性問題需要處理，他說，以最高溫1050度來說，連貓狗安樂死後的內臟都還焚燒不完全，更沒法焚燒醫療廢棄物。木柵焚化廠長吳文園則認為，北市3焚化廠溫度介於850-1050度之間，溫度足以焚燒醫療廢棄物，惟法規上還不能處理，需要相當專業的研議。
市議員王鴻薇表示，根據市府的書面報告指出，焚化廠執行目視檢查884車次，落地檢查190車次，她批，市府是有「X光眼嗎？」且雲林送來的家用垃圾袋有紅有綠，都沒有使用專用的環保垃圾袋就送到北市焚燒，環保破功。 （相關報導： 每天用一根吸管，50年後海洋會變怎樣？看這隻斷掌海龜，就知道人類有多自私… ｜ 更多文章 ）
議員李建昌則表示支持北市代燒雲林垃圾之意。他說，2002年SARS時候，是雲林縣替天龍國子民焚燒醫療廢棄物，如今，大大小小的醫療廢棄物每天常態性的運送到雲林，如果雲林縣議會與在地民眾抗爭，從明天開始不允許台北的垃圾送過去，台北市會因為醫療垃圾要堆放到哪而大戰，他呼籲大家將心比心，不要有排拒的心態。他認為，有些事情就是不能公開透明，公開透明就不用做了，像是北市也民眾不可能接受再建造一個專門焚燒醫療廢棄物的焚化爐。
