CIG的報告分析陳儀是國府的親日將領，擔任福建省府主席時，曾配合台灣的日本殖民政府，鎮壓逃到福建地區的反日台籍人士。從這一點看來，陳儀不在乎日人在台的祕密活動，也就不令人感到意外了。
在美國國務院公開檔案當中，1946年6月27日有一份有關從中國遣返日人的報告。對於遣返政策，美國主張所有在華日人都應該盡快遣返日本。美國應當敦促中國當局，留下的日本人必須是基於專業與技術能力的原因，同時這些人過去的紀錄，也必須能夠顯示出對於中國的安全與安全，不會產生任何的威脅，也不會成為讓日本重新開始對中國建立影響力的有利機會，日本軍人的遣返要優先於日本平民。
國務院雖然早已提出警示，顯然台灣在遣返日人的工作方面，因為交通工具的缺乏，以及日人遺留的大量設施，仍需要許多日本技術人員操作，使得遣返工作的很有限，這批為數不少的滯台日人，自然又讓台人原本就醞釀中的反陳儀當局的情緒，產生了火上加油的煽動作用。
美國情報顯示，日軍在台藏匿他們的彈藥與武器，在台灣是公開的秘密，雖然某些被發現，但是台灣當局沒有花很大心思對這件事情進行完整調查。台灣山區有原住民部落居住，根據1930年的人口調查，大約有14萬人，這些原住民被教導日本習俗，在日本殖民政府設立的學校接受教育，日本人對原住民的教化非常成功，他們在各方面都與日本人一樣，某些原住民也與日本人通婚。日本投降後，日本在台灣的殖民政府迅速地將重要的軍事裝備，運到山區原住民部落隱藏，以及其他預定的藏匿地點。一小部分的日本軍事專家隱藏在部落當中，偽裝為原住民，在日軍遣返日本後，他們仍然祕密活動著。日本人躲藏在台灣的山區附近，台灣當局沒有阻止他們的行動，也沒有調查這些事情。日軍能夠成群結隊地在鄉間活動，穿著日本軍服與配戴武器，估計有2000人到5000人。
抗戰結束後，國府對於台灣回歸祖國懷抱，對於台人轉換為中國人身分採取寬鬆的政策。美國情報單位發現，在歸化政策方面有漏洞，因為在日據時代許多台灣人都改成日本姓氏，當日本投降後，他們可以改回中國姓氏，陳儀當局公布了一些幫助台灣人改回中國姓氏的措施，台灣有日本姓氏的人，可以很容易地改成中國姓氏，台灣當局只要求店家出具保證，但這些店家的擁有者很多就是當事人，因此許多日本人很輕易地擁有了中國人的身分，而不用被遣返。
CIG的報告中提到當時台灣破獲的一起間諜組織案件，是一位日本知名報紙的主管，被留在台灣擔任國民黨發行報紙的編輯，這人是間諜組織的聯絡員，很明顯地，日本人在台灣的地下組織與大陸及日本的地下組織有著密切的聯繫。 （相關報導： 王宗偉觀點：怎樣轉型才正義─改中正紀念堂為動戡時期博物館吧 ｜ 更多文章 ）
美國駐台北領事館在二二八事變發生後，回報給國務院的事件成因研析報告，對於共黨勢力在台影響，是認為不太顯著，二二八事件與共黨煽動關係不大。在1946年12月的這份情報研析，提到1946年當時台灣在共黨滲透方面的問題。這份報告認為，近幾個月以來，共黨滲透都在逐漸增加當中。共黨在台活動主要在鄉間進行宣傳，不過，中國大陸沿海島嶼藏有許多曾與日軍合作的偽軍部隊以及海盜勢力等，不論是共黨或著日本在台地下組織，都希望與這些武裝力量聯繫，共黨想要找這些人買武器彈藥，利用舢舨，藉著夜色掩護，走私進台灣，這顯示共黨組織在台略具規模，可以取得有限度的武器裝備。
