美國這個國家向來以其自身利益為重，所有對外關係的發展，都必須符合美國的利益，而欠缺考量對方國家的立場與困難，經常造成雙方的誤解，影響雙方互信。國府因為國共內戰失利，在1949年12月遷往台灣，當時的國府只能用風雨飄搖，朝不保夕形容。國府在台灣腳步都還未站穩，美國大使館駐台人員卻在台灣民間鼓吹組織台灣民主協會，利用省籍情結，拉攏本省人與國府在政治上分庭抗禮，對於國府逮捕反政府的台獨人士，美國大使館也施壓釋放，介入干預他國內政。
1947年台灣發生二二八事件後，台北的美國大使館人員就不斷與主張台灣獨立的台灣民間人士接觸，向國務院積極推銷支持台灣獨立的美國官員不在少數，最有名的當屬葛超智，不僅宣傳鼓吹台獨，還出書攻擊國府。葛超智過於激烈的言論，沒有成為國務院的主流政策，後來葛超智離開國務院，但類似葛超智支持台獨的意見，在國務院官員當中，並不在少數。
國務院當時出現支持台獨的主張，是有歷史背景的。美國駐中國大使館在抗戰期間，就有許多官員對重慶國府抱有高度偏見，尤其是不滿蔣中正的領導，這些人對延安中共當局充滿幻想。這些官員發回國務院許多不利國府的報告，影響美國對內戰的看法，共軍攻陷南京後，美國大使司徒雷登並沒有跟隨國府遷移廣州，而是留在南京，等待內戰的最後情勢發展。司徒雷登留在南京，是國務卿艾奇遜的指示，美國對與中共建立正式關係，充滿期待，希望拉攏中共，減少蘇聯在共產圈的盟友。
美國在國共內戰最危急的時刻，早就以其全球戰略利益為考量，在國共雙方選擇了中共。因為這個初步的選擇，使得原本美國大使館駐台人員積極鼓吹美國支持台獨，利用孫立人兵變，推翻台灣省主席陳誠，由美國、聯合國託管，將來再由台人治台的策略，沒有成為國務院的政策。
艾奇遜始終不認為台灣對美國的戰略利益有多大影響，但他希望拉攏中共，藉以減少蘇聯的盟友，美國對於台灣地位尊重二戰時的開羅宣言，也就是台灣必須歸還中國，因此，若美國藉著組織推動台獨，占領台灣，就會違背開羅宣言的精神，不利美國與中共關係的開展，在艾奇遜的影響下，杜魯門政府除了已經通過的援助項目，沒有提供新的對華軍援，目的就是為了等塵埃落定，才能夠與中共新政權展開外交對話。
根據國務院的解密檔案，1950年1月2日，英美兩國外交官員會商，美方明確表達美國政策立場，不允許提供轟炸機、重戰車給台灣，美國不打算協防台灣，美國也不會派遣軍事代表團到台灣。1月5日，杜魯門總統再次表達美方立場，美國尊重開羅宣言，台灣應該回歸中華民國，但是美國不會介入中國內戰。 （相關報導： 中美關係風雲：美軍第七艦隊與亞太國家的糾葛恩仇 ｜ 更多文章 ）
國府遷台的新年，就是在美國不斷傳達出放棄國府，讓中國內戰情勢自然發展想法下，淒涼地過去了。由於代總統李宗仁早在1949年12月，透過美國協助下，藉醫療名義，由香港流亡美國。這時蔣中正在台灣思考復行視事，繼續領導台灣反共，蔣中正3月1日宣布復行視事，在這之前，國府空軍不斷出擊轟炸上海，引起美國大使館向外交部強烈抗議，因為國府轟炸的目標，包括了美國人投資的標準石油設施、上海發電廠等，國府的軍事行動，造成美國人的財產損失。美國不僅不支援國府軍事行動，進而限制國府的軍事行動，美國的抗議聲明不只是對外交部宣達，也向當時的東南軍政長官陳誠、空軍總司令周至柔、海軍總司令桂永清當面表達。
