1915年8月6日是西來庵事件最重要的一天，這一天爆發了事件中規模最大的一場戰役，噍吧哖之役。反抗軍在噍吧哖與日軍激戰之前，在附近對著同胞鄉民喊話。據耆老們回憶，當天四面八方都有人在喊聲：「大家起來吧！我們要團結，請大家逗相報，咱大家逗陣殺死日本人！」也有人帶頭呼籲：「少年仔！勇敢站出來！」許多人聽到如此激情的吶喊，長期以來對殖民政府的不滿瞬間傾洩而出，抄起傢伙便投入反抗軍的行列。但他們不僅從此一去不回，連帶地導致家鄉親人也遭到波及，悲劇就此展開。
西來庵事件，又稱噍吧哖事件，是台灣在日治時期發生的最大規模漢人武裝抗日事件。史書上都稱這起事件是日治時期犧牲人數最多的抗日事件，但除了最後在審判中處死刑者866人有明確記錄外，到底在戰鬥及清鄉掃蕩過程中，日軍殺害了多少人，至今仍未有定論。有人認為大屠殺造成上萬人殞命，也有人認為和1899年的坪林湖桶村一樣，根本沒有證據顯示有屠殺一事。
行動曝光，倉促行事
1915年，余清芳、羅俊、江定等人，藉由台南市區的五福王爺廟「西來庵」，作為根據地，以宗教形式招募信徒，並鼓吹民眾採取武裝行動對抗日本殖民政府，建立自己的政權「大明慈悲國」。同時，以事成後將免除參與者的賦稅，吸引許多當時飽受生計之苦的台南、高雄山區農民參與。
原本余清芳等人預定於1915年8月起事，但由於保密不嚴，該年5月時各地已風傳台灣將發生抗日行動，甚至還傳言將引中國袁世凱的北洋軍攻台。緊接著西來庵要角羅俊於6月被日本軍警逮捕，事跡敗露，余清芳等人遂臨時決定提前於7月倉促起事。
1915年7月6日，余清芳以「大明慈悲國奉旨平臺征伐天下大元帥余」名義發表了《大元帥余告示文》，7月9日余清芳、江定等人率眾突擊甲仙埔支廳，正式揭開西來庵事件的序幕。
起初余清芳和江定攻擊燒毀許多派出所、官舍，戰事頗為順利，參與行動的民眾也越來越多，超過一千人，聲勢浩大。但8月初，日本正規軍隊集結後開始反攻。8月6日雙方在噍吧哖交戰，日軍以現代化的步兵、砲兵協同作戰，面對憑藉著符咒、傳統兵器的反抗軍，以壓倒性的優勢予以擊潰，反抗軍死傷慘重。根據日軍統計，戰場上遺留的反抗軍屍體為159具，後來的零星戰鬥中又有150人遭擊斃。
此役之後，日方軍警針對鄰近村庄、山區進行大規模的搜捕行動，過程中燒毀許多民房，並導致許多平民遭到報復性的殺害。
然而，日軍在搜捕清鄉的過程中，究竟造成了多少平民的死傷，一直是眾說紛紜，從幾百人到三萬人都有。不過，台南、高雄一帶山區，如今有許多聽起來十分「驚悚」的地名，都來自於西來庵事件，似乎證實屠殺一事曾經發生。 （相關報導： 日本人殖民台灣到底多殘忍？揭日軍屠殺原住民震撼影像：父親遭反綁虐殺，孩童無助愣在一旁 ｜ 更多文章 ）
比如龜丹林口殺人埔的地名由來，即是日軍在龜丹時，圍捕全村10歲以上男子至此，雙手反綁，以武士刀斬首後，推入坑洞；南化竹頭崎萬人堆，則是傳說當時16歲以上男丁皆遭日警帶至今玉山國小旁空地，以機槍掃射屠殺殆盡，今竹頭崎村民於農曆6月28日的祭祖習俗，即由此事件而來；左鎮木公莊殺人埔，是由於內莊仔保正嚴朝陽曾收留余清芳等人，導致全庄遭到日軍報復性屠殺，男女老少悉數殺死，幼兒則反鎖關押於三界公廟公厝，放火焚燒。
