1996 年 3 月 23 日，台灣人民第一次以直接投票的方式選出中華民國的總統。這是台灣民主化的重要里程碑。
從日本殖民統治時代，一直到國民黨戒嚴統治時代，爭取由人民自治的訴求，一直沒有中斷。如二十世紀二、三十年代的「議會設置請願運動」，如彭明敏師生三人在 1964 年提出的《台灣自救運動宣言》，就呼籲「遵循民主常軌，由普選產生國家元首」，一直到民進黨成立、蔣經國去世，「總統直接民選」是當時在野勢力最重要的政治訴求。1992年4月19日，民進黨發起「總統直選大遊行」，並佔領忠孝西路三天二夜後被強制驅離，是此運動訴求的最高峰。四年後，訴求成真。
可以說，「總統直接民選」是台灣歷史發展「本土化、現實化、民主化」之總體趨勢的具體呈現。這個發展趨勢是相對於蔣氏政權「移居、過客、威權」之性格形成的，其核心關注點是蔣家政權的統治正當性。因此，當我們看待總統直接民選後產生了什麼樣的重大影響這個議題時，不應侷限於「總統直接民選」這單一的事件，而應著眼於以「總統直接民選」為輻轂之總體發展趨勢。
大約在二十世紀八十年代之前，兩岸是隔絕的，敵我對峙的，「漢賊不兩立」。這種態勢，除了是針對對岸政權之外，也針對生活在台灣的人民，每一個人跟中國大陸的可能關係都要受到戒嚴戡亂體制的管制。從現實上來說，不管是從國際形勢、民主正當性等角度來看，甚至人民的日常生活，都處在不正常的狀態，比方說兩岸不准往來所造成的人倫隔絕。這種狀況的長期存在，除了以威權政治權力強力壓制外，能否正常持續下去，非常讓人懷疑。在這種背景下，以「總統直接民選」這一心理訴求為核心焦點的民主化訴求，指向一個大方向，那就是「正常化」，政治秩序的正常化。從內政到對外，包括兩岸關係，都是如此。許多改革在自由化、民主化的訴求中欲迎還拒地啟動。兩岸也從你死我活的國共內戰逐漸變成沒有煙硝的國共內戰，緩慢地朝向「本土化、現實化、民主化」的方向發展，從人倫隔絕發展到社會、文化、經濟的往來交流。 （相關報導： 風評：民主台灣三十年─唱個歌都能打到流血？ ｜ 更多文章 ）
1979 年美中建交，北京改採和平統一政策，並展開對台（基本上以國民黨高層為主要對象）招手的統戰攻勢。當時，兩岸仍隔絕，蔣經國高懸「三不政策」（不接觸、不談判、不妥協）。當日之情境，可以 1982 年 7 月 24 日《廖承志致蔣經國先生信》及 8 月 17 日蔣宋美齡的回函《給廖承志公開信》，見其一斑。信中，作為國民黨元老廖仲凱之子、蔣家故舊的廖承志，對蔣的三不，「期期以為不可」，套交情說「世交深情，於公於私，理當 進言」，殷殷勸說國共再度合作，兩岸談判統一。國民黨方面則由旅居美國的蔣宋美齡以長輩之姿，家書口吻，發表一封《給廖承志公開信》，說蔣經國「負有對我中華民國賡續之職責，故其一再聲言『不接觸，不談判，不妥協』，乃是表達我中華民國、中華民族及中國國民黨浩然正氣使之然也。」信中盡顯長輩開導子侄之態，最後要其「幡然來歸」「回頭是岸」，拒絕了國共和談之議。
高層的「漢賊大義」可以說得冠冕堂皇，然而，現實完全不是這樣，在現實化、民主化的大趨勢下，一些事態如伏流般在底層醞釀著。1986 年，逐漸成長的黨外民主運動力量集結成立民主進步黨，挑戰戒嚴時期的禁忌 ── 黨禁。晚年的蔣經國雖然相當關切組黨相關情事，但沒有如前一般採取強力鎮壓措施。據李登輝的筆記，蔣經國向李表示，「此時此地，不能以憤怒態度輕率採取激烈的行動，引起社會不安情形。應採取溫和態度，以人民國家的安定為念頭處理事情。有關十二人小組，……並對組黨問題，不違反國策、憲法規定內，可研究組黨的可能性。暫以秘密進行。」李登輝後來補充說，當時沒有處理民進黨組黨問題，主要就是根據蔣的這一態度。
最大的禁忌被突破，許多被黨國機器壓制的社會力量開始冒頭。在這種大背景下， 其中有一股力量推動了兩岸的破冰。1987 年 4 月，一群背負人倫悲情的來台老兵，挺身反抗「禁止與匪區親人聯繫」的禁令，在部分民進黨人與人道主義知識分子的聲援下，組成 「外省人返鄉探親促進會」，他們身穿寫著「想家」二字的白上衣，穿梭於街頭，訴求返鄉探親，他們向社會訴求：「我們已沈默了四十年」、「想回家，怎麼辦」、「抓我來當兵， 送我回家去！」、「回家的時候到了！」
這些在今天回顧仍然令人動容的街頭呼喊，最終促成了「開放探親」的政策實踐。 1987 年 10 月 15 日，在蔣經國的直接指示下，國民黨政府正式宣布自 11 月 2 日起，除現役軍人及現任公職人員外，凡在大陸有三等親以內親屬者，可以向紅十字會登記赴大陸探親。 隔年 1 月 14 日，「外省人返鄉探親促進會」會長何文德帶領會內老兵 20 多人一同返鄉， 並祭拜黃陵。兩岸不能往來接觸的堅冰慢慢開始融化。
開放探親以後，兩岸的閘門就不由自主地打開了，各方面的交流往來次第開展，層面涵蓋了經濟、社會、文化、學術 ……。從零星、片斷的交流，逐漸加溫發展為全面性的交流。兩岸朝著「正常化」的大方向發展。
然而，雖然兩岸在經濟、社會、文化、學術 ……等方面的交流，朝著「正常化」的大方向發展、奔流，但在上層政治層面的互動上，卻遠比這些層面複雜錯綜，險阻叢生，有如深水下的岩礁、冰山。 （相關報導： 風評：民主台灣三十年─唱個歌都能打到流血？ ｜ 更多文章 ）
眾所周知，兩岸問題之產生，沿自國共內戰。國共兩大權力集團經歷激烈的政治軍事鬥爭後，共軍席捲長江南北，蔣介石倉皇辭廟敗走台灣。1949 年 10 月，毛澤東在北京宣告成立中華人民共和國；12 月，中華民國政府播遷台北。台海兩岸分裂對峙的政治態勢初步形成。次年，韓戰爆發，美國第七艦隊巡弋台灣海峽，台海兩岸分裂對峙的態勢進一步固定形成。儘管從傳統政權更迭的眼光來看，這是蔣家政權偏安一隅，但從戰後冷戰地緣戰略態勢來看，這個敗退的政權是一個與毛澤東剛剛宣告成立之中華人民共和國互不統屬的、由內外形勢逐漸形塑的實存國家，一個「意外的國度」。其後，在東西冷戰態勢下，雖經許多國內外形勢的變遷，包括 1971 年聯合國 2758 號決議使中華人民共和國取代中華民國，兩岸在政治上的戰略態勢異位，但兩岸分裂對峙的態勢一直沒有改變。
到了 1979 年，華盛頓與北京建交，蔣經國雖仍以「三不政策」因應北京的和平統一 攻勢，但隨著台灣內部民主化運動、老兵返鄉探親等社會運動的興起，蔣本人應該也感受到他自己說的「時代在變、環境在變、潮流也在變」，所以容忍民進黨的成立，開始著手準備解除全世界最久的戒嚴、開放老兵返鄉探親等措施。李登輝補充他跟蔣晚年的談話記錄，指出他不清楚蔣對民主化有沒有一套完整的規劃，但蔣確實是在思考解除戒嚴、解除黨禁、組黨等等這些大方向，他說如果當時蔣沒有提起解除戒嚴的事情，國民黨內是沒有人敢提議的。 而蔣會宣布解嚴，李認為原因是擋不住潮流，蔣了解國民黨要在台灣生存，一定要民主化和本土化。
1987 年 7 月，戒嚴解除。半年後，蔣經國過世，強人政治告終。李登輝在保守的國 民黨權力集團環伺之下繼任總統，逐步啟動以「正常化」為主軸的政治改革。過去四十年來 的政治秩序，是在非正常的動員戡亂體制下運作的，是一種動員戡亂由上到下的威權秩序。現實政治社會的發展使得這狀態跟現實嚴重脫節，必須有所調整，朝向「正常化」調整，否則無以因應日益增長的各種矛盾緊張。1990 年 6 月，因應野百合學運抗爭，李登輝召開國是會議，以解決重大憲政爭議。在長達六天的國是會議中，首度邀請在野力量（包括海外黑名單人士、剛獲特赦的政治異議人士）「共商國是」。最後達成包括回歸正常憲政體制、終止動 員戡亂時期、廢除《動員戡亂時期臨時條款》、設置非官方的兩岸中介機構等共識，並在後續的修憲、修法中逐步終結「動員戡亂體制」，邁出建構正常民主憲政體制的第一步。儘管這個轉型是分期付款式的，受到現實舊勢力乃至外在力量很大的牽絆，但它總算沿著「本土化、 現實化、民主化」之總體趨勢向前邁出了民主化、正常化很關鍵的一步。
問題來了。要終結「動員戡亂體制」，一方面當然是內政上要回歸憲法，建構正常的民主憲政秩序，那就是國會全面改選、總統直接民選、調整動員戡亂法制等等這些；另一方面，也是最重要的，在關鍵性的兩岸關係上，意味著在政治上不再將對岸的政權定位為「叛亂團體」，希望終結敵對狀態，建構穩定的和平互動架構。那麼，對岸的政權，二十年前取代中華民國成為聯合國常任理事國的中華人民共和國、掌握政權的中國共產黨，又該怎麼定位？ 兩岸之間又是怎麼樣的關係？開放探親以來兩岸間不斷擴大的民間往來所衍生的諸多問題，又該如何規範？……
這些錯縱複雜的問題，必然是終結「動員戡亂體制」的過程中必須立刻面對的問題， 也是要繼續推動民主化、建構正常化之政治秩序的台灣，無法不面對的問題。 （相關報導： 風評：民主台灣三十年─唱個歌都能打到流血？ ｜ 更多文章 ）
落實到現實政治，面對這些問題，必須同時面對來自內外兩方面的問題。在內部， 長期浸淫在反共思維下的國民黨老舊保守勢力，無論在現實利益上或意識型態思維上，都跟舊的體制有著唇齒相依的關聯，他們對這樣的改革是怎麼想的，必須面對。從相關文獻可以 看到，即使當時參贊相關轉型工作的一些人，也仍然有著扯不清的戡亂思維殘遺。在外部， 兩岸經過半世紀的對峙，互相視對方為「幫」為「匪」，相互猜忌之心很深，互信的基礎也非常脆弱。再者，在民主化過程中，從本土孕育成長、與共產黨從無互動經驗的民進黨，已經日愈成為台灣政黨政治的重要部分，其政治主張，其本土關懷，都成了處理這些問題時不能 不考慮的問題，這就更增添了問題的複雜性。挑戰前所未有。
因應這些挑戰，初掌權柄未久的李登輝，在國民黨老舊保守勢力環伺下，只能在當時國民黨權力集團所能忍受的保守基礎上，規劃了一個從國統會、陸委會到白手套海基會的 「決策 - 執行 - 交流」組織架構，並在 1990 年 10 月成立「國家統一委員會」，展開新時期推動兩岸關係的新布局。國統會成立後，很快就在 12 月召開的第二次會議中提出一份具戰略性意涵的《國家統一綱領草案》，並在 1991 年 2 月通過。翌年 8 月國統會再通過補充此綱領 的《關於「一個中國」的涵義》。這兩份文件，一方面是李登輝初掌權柄，用來凝聚黨內各方勢力、吸納社會意見，以鞏固權力的戰略布局；另一方面，也更重要的，是因應形勢變遷， 在終結「動員戡亂體制」以後，規劃新時期兩岸互動關係之政策指導的戰略方針。在《綱領》 通過四個月後，李登輝自己在國民黨幹部訓練機構革命實踐研究院講話，就清楚指出，「四十 幾年的台灣海峽關係完全是以動員戡亂時期作為我們領導的原則，但是在動員戡亂時期終止後，如何規範海峽兩岸的互動，除了《國家統一綱領》以外，沒有其他可以替代的了。」
這兩份具有戰略性意涵之文件，雖然有著時代轉軌的意涵，但仍然沿襲「動員戡亂時期」以來將「國家統一」作為終極的單一目標，並以之為根本之政策原則。這一立場，沒 有改變，是國策。李登輝在前舉的講話中一再強調這一點，具體而微地說明了當時的時代氛圍。更關鍵性的是，這一文件將對岸政權的定位，作了戰略性的轉軌，由之前動員戡亂時期 必須對之「戡亂」消滅的「叛亂組織」，調整為模糊的「政治實體」，並以「在互惠中不否定對方為政治實體」這一策略，對抗中共主張「一國兩制」、視台灣為地方政府之謀台企圖。這是戰略性的轉折。
然而，什麼是「政治實體」，兩份文件都模糊帶過未交代，僅在「進程」的描述中曖昧地提到「制定交流規範、設立中介機構」「對等的官方溝通管道」「兩岸統一協商機構」等具有政權功能的機制，但這些機制的具體定位還是模模糊糊，沒講清楚，不能講清楚，也講不清楚。也許這是現實上無可奈何的辦法。總而言之，這是一份很曖昧模糊的妥協性文件， 仍然以法統之正統自居，欲圖以創造性模糊的戰略定位，片面定位對方，然後透過一些單方構想的路徑圖，即近程（交流互惠階段）- 中程（互信合作階段）- 遠程（協商統一階段）的路徑設計，用時間換取空間，來開展雙方的互動往來。
然而，這種曖昧的模糊策略，並沒有引來共鳴，也沒有解決問題。因為國統會以「國家統一」為名、以追求「中國的統一」為宗旨，新興的民進黨一開始就拒絕背書， 中常會通過決議不參加，原受邀擔任三名副主委之一的黨主席黃信介後來決定不參加，隨後制定的《國統綱領》也被視為是國民黨一黨表達其政治號召、政治策略之文件。這樣一來， 在尋求政治秩序正常化的過程中，這個關鍵性的、戰略性的轉軌問題，就一直陷入內部的紛爭。 （相關報導： 風評：民主台灣三十年─唱個歌都能打到流血？ ｜ 更多文章 ）
至於中共，也許是因為這是單方面設計的路徑圖，也許是基本立場南轅北轍，總的來說，北京並未對這份《綱領》給予善意的評價與回應，除了對《綱領》標舉的「共同重建一 個統一的中國」給予肯定之外，基本上是負面反應的。北京指責台灣仍未放棄反共敵對立場， 說《綱領》「表面上打著國家統一旗幟，實際上是推行兩個中國、一中一台和對等的政治實體」， 說台灣要「以一個獨立的政治實體進入國際社會，謀求外交上所謂的『雙重承認』」。他們批評台灣政府仍然未能放棄「三民主義統一中國」的「目標」，認為「這不是務實明智的選擇， 只是一種不切實際的幻想」。
本來，在「動員戡亂體制」下，兩岸都把對方視為是「零和」的敵對鬥爭關係，《國統綱領》的主要著眼點，也視其最重要的時代意義，就是要將之轉軌為「非敵對的」「非零和的」關係。而囿於舊體制下的種種情結，如法統，以及外在地緣權力考量之制肘，沒法以務實的角度思考這個問題，因此，只好以模糊的「政治實體」來定位中共政權。然而，在這個關鍵點，北京的反應是強硬的、「零和」的。北京指責《國統綱領》提出「在互惠中不否定對方為政治實體」「在國際間相互尊重，互不排斥」等主張，實質上是按「兩個獨立的政治實體」 的架構製造「兩個中國」、「一中一台」，說這是極不現實的，只是一種不切實際的幻想，鄧小平在內部講話甚至強硬地說，「要好好敲打他們，不要夢想『和平反攻大陸』。要抓住要害， 告訴他們『兩個中國』、『一中一台』、『和平演變』、『台獨』等都是行不通的死路一條，只有 走『一國兩制』的路才是光明大道」。
這樣的分歧，把兩邊都試圖調整戰略布局所碰到的矛盾完全顯露。這在上述《關於 「一個中國」的涵義》這份文件出台後，更明確、更具體地顯露。這份文件的出台，是原來 《國統綱領》標舉「一個中國」原則、採取「政治實體」之模糊定位不得不然的結果。1991 年 11 月及次年 3 月，受委託的海基會兩度就有關「文書驗證」及「共同防制海上犯罪」等事 項，與中共相關單位商談，北京提出「一個中國原則」的問題，要納入協商文件，台北希望在事務性協商中不必觸及這問題，但北京態度強硬，且《國統綱領》中除近程階段提到一次 「一個中國」外，全文並沒有對「一個中國」之涵義加以明確界定，究竟台北如何界定「一 個中國」？會不會因此被北京的定位吸納過去？為此，國統會研究委員就「在兩岸統一前對 『一個中國』的涵義應如何界定」加以研究討論，最後擬了一個草案，並經委員會議激烈討論後作成決議，成為後來相關討論的基本立場。
在《國統綱領》中，「國家統一」是國民黨黨國體制及之前動員戡亂時期的意識型態教條，不可能抹掉不提，而在現實上，這也是國共少數僅存的歷史連結，在兩岸嘗試新的連結中，這一點也不可能抹掉不提。但是，當時的國民黨人應該也很清楚，從 2758 號決議以後， 「一個中國」符號的詮釋，是比較有利於北京的，因此，在整份800餘字的綱領中，提到「國家統一」有11次，但只有一個地方提到「一個中國」。這或許具體而微地反映了其中的微妙之處。恐怕也因這個微妙之處，在接下來的兩岸協商中，北京一貫要強調「一個中國原則」， 台北則希望在所謂事務性協商中不必觸及這個問題，這是後來兩岸協商最大的爭議所在。正因為這些微妙，《國統綱領》中以模糊的「政治實體」來指涉、定位兩岸。但在北京一貫要強調「一個中國原則」的情況下，台北不得不討論、提出一個基本態度，這就是《關於「一個中 國的涵義》的由來。 （相關報導： 風評：民主台灣三十年─唱個歌都能打到流血？ ｜ 更多文章 ）
在這份文件中，原來想留下模糊空間的，被迫攤開講明，所以開宗明義，說海峽兩 岸雖然均堅持「一個中國」之原則，但雙方所賦予的涵義不同，「中共當局認為『一個中國』 即為『中華人民共和國』，將來統一以後，台灣將成為其轄下的一個『特別行政區』」；而台灣這邊則認為，「『一個中國』應指 1912 年成立迄今之中華民國，其主權及於整個中國，但目前之治權，則僅及於台澎金馬」。這說法有「兩個法統各說各話」的味道，跟從前的講法，法統是零和的、有我無你、勢不兩立，有了很大的轉折。但接下來轉折更大，《關於「一個中國」的涵義》第二點清楚定義兩岸的現狀：
「民國 38 年 (公元 1949 年) 起，中國處於暫時分裂之狀態，由兩個政治實體，分治海峽兩岸，乃為客觀之事實，任何謀求統一之主張，不 能忽視此一事實之存在。」
換句說，這決議將模糊的「政治實體」定位，再向明確的方向推進一步，實質上將兩岸定位 為「分裂國家」，是由「兩個政治實體，分治海峽兩岸」，並提醒北京，說這是客觀之事實， 「任何謀求統一之主張，不能忽視此一事實之存在」。（順便一提，約略在同時立法的《台灣地區與大陸地區人民關係條例》，也是以這種「分治」的思維去構思。）台北方面所講的當然是事實，問題是這基本上是跟北京主張的「一國兩制」針鋒相對的。矛盾的表面化、明確化是時間早晚而已，是一定會浮上檯面的。
因為有這個關鍵性的分歧，所以在兩岸協商中爭議不斷。最為人所知的是 1992 年在香港的會談，即所謂「九二共識」的公案。
耙梳當年的相關資料，可以很清楚看到，當年北京在策略上採取強調「海峽兩岸均 堅持『一個中國』」這個「同」的表述，但對「差異性」這一面則刻意淡化，並在稍後以「在事務性協商中不涉及『一個中國』的涵義上的分歧」的說詞，將這個差異「暫時」存而不論， 先確定「兩岸均堅持一個中國的原則」再說。所以，當年海協會關於這爭議的口頭表述是， 「海峽兩岸均堅持一個中國的原則，努力謀求國家的統一，但在海峽兩岸的事務性協商中， 不涉及『一個中國』的政治涵義」。
至於台北方面，雖然勉強說 「雙方雖均堅持『一個中國』的原則」，但著重要強調的是「差異」，即「但對於一個中國的涵義，認知各有不同」。時任陸委會副主委的馬英九在香港會談不算破裂但陷入嚴重僵局之際發表談話，表達台北的立場說，「在一個中國的原則問 題上，中共如果想用模糊的概念把我們吃掉，我們是絕對不會接受的，我方不能接受不加註 說明的『一個中國』原則」（引自方鵬程《台灣海基會的故事》，頁 82）。這說法很清楚反應出， 當時的國民黨人理解，如果只談「一個中國」而不加註說明，那在現實上是要被吃掉的。因為，從 2758 號決議以後，「一個中國」符號的指涉，是向北京傾斜的，國際政治的現實本來就是殘酷的。但要像《關於「一個中國」的涵義》那樣界定，那邏輯的必然是分裂的兩個國家，而且還殘存著零和之法統殘遺，甚至還停留在反攻大陸時期，等待「王師北定中原日」呢。
92 年的香港會談，雖然在雙方各有打算的情形下，暫時把這個根本的分歧擱在一邊， 陸續進行了包括 1993 年辜汪新加坡會談在內的一系列商談互動，並試著建立「制度性的協商」。然而，在兩岸關係定位上的根本歧見，不要說解決，連比較貼切的相互理解都還很欠缺， 所以只要一點風吹草動，兩岸的緊張立刻凸顯。後來，無論是康乃爾之行、總統直選，還是 「中華民國在台灣」等說法，北京幾乎都視為是對「一個中國」的背棄、挑戰。更不用說後 來政黨輪替，綠營執政。於是，海峽多事。 （相關報導： 風評：民主台灣三十年─唱個歌都能打到流血？ ｜ 更多文章 ）
1994 年 7 月，經由委任派與直選派之激烈政治角力，第三次修憲將前二次《憲法增 修條文》全盤調整修正，並議決通過，同年 8 月 1 日由總統公佈，是為第三次《憲法增修條文》，確定總統、副總統改由人民直接選舉產生，而不再由國大代表間接選舉產生。這是 1996 年 3 月台灣人民第一次以直接投票選舉總統的由來。
在台灣，總統直接由人民產生，有著很深遠的政治、社會號文化意涵，前此，台灣經歷半世紀的殖民統治，然後是四十餘年的戒嚴統治。到這時，才在民主化的進程中，有了選舉總統的機會。這意謂前此「動員戡亂非常體制」邁向「民主憲政體制」這一正常化之轉型基本上已經完成，它大大強化了政治體制之民主正當性與合法性，更由於直選產生之新總統具有最廣泛的直接民意基礎，無形中象徵著主權與政治中心。儘管 1947 年原來的《中華民國 憲法》有著內閣制之要素，但因甫一「行憲」，戡亂體制之《動員戡亂臨時條款》立刻凌架其 上，現實上，實質權力運作以總統為中心，兩代「蔣總統」才是真正的權力中心。現在總統直選了，由於當選的總統有著最廣泛的民意基礎，加上傳統東方政治文化「首出庶物」的思想意識，現實的政治社會心理大抵也都認可總統有著最大的政治權力。儘管這仍有一些憲政上的問題，現實政治運作上卻延續過去的政治習慣，但卻又可以補強權力集中在總統的正當 性。
在直選之前，繼承威權殘遺體制並啟動正常化轉型的李登輝，在直選後，立刻挾飛彈威嚇下仍獲得過半選票之強大民意基礎，繼續推動進一步的相關改革。仿照 1990 年召開103「國是會議」以凝聚朝野改革共識的作法，李登輝再一次籌備召開「國家發展會議」，廣邀朝野各黨各界人士參加，並規劃了詳細的幕僚作業，且史無前例的邀請在野黨參與幕僚前置作業。
國發會的召開，是這一波邁向正常化之轉型的改革最重要的攻頂，影響相當深遠。從強人政治告終，正常化的轉型啟動，夾雜著權力利益、意識型態的諸多分歧，各黨各界在許多基本問題上確實存在著歧異對立。在這樣的背景下，李登輝在首次直選總統就職演說中承諾：「將儘快責成政府，針對國家未來發展的重要課題，廣邀各界意見領袖與代表，共商大計，建立共識，開創新局。」隨後，各項籌備工作如火如荼展開，經過近三個月的籌備，一個由具有特殊歷史地位之首任民選總統召集，具有一定程度之政黨協商意味的大型會議終於順 利召開、落幕，獲致豐富之成果。在憲政改革、兩岸關係、經濟發展三個分組中，共獲致 192 項共同意見。以下僅對兩岸關係分組略加著墨。
正如前述，從解嚴、終止動員戡亂以來，「調整非常體制，走向正常化」是民主改革 工程的主軸。李總統在國家發展會議開幕典禮也說，「過去幾年來，（在政治改革方面）全國上下一步一腳印，循序漸進，度過了多少艱辛困頓，化解了多少危疑震撼，終於奠定了今天 『主權在民』的民主宏規」，在走出動員戡亂的威權體制後，「主權在民」往往成為人民最優 先的關切。在兩岸組的 36 項共同意見中，歸納其主軸，可以看出，各項共同意見無不環繞「獨立主權」展開，也無不聚焦在「獨立主權」這個核心上。環繞著這一點，儘管許多具體的措施、作為該如何會有分歧的意見，但在這核心問題上，卻有著高度的共識。 （相關報導： 風評：民主台灣三十年─唱個歌都能打到流血？ ｜ 更多文章 ）
但是，從事後看，與會各方對「獨立主權」這一主軸雖有高度共識，但其意涵為何， 如何呈現這意涵等等，從籌備階段之幕僚作業就一直有著一些爭議。一直到正式會議仍然意見交錯，會議主持人之一的許信良提議，由國、民、新三黨各推出席代表一人、學者專家一人成立協商小組共六人，根據正式會議前之「兩岸關係議題專題綜合研討會」之討論內容及 會前專題研究報告，進行協商，撰凝「初步共識草案」，再提交全體出席人員討論、修正通過。 從這個過程，應證這次會議有著濃厚的政黨協商意涵。
兩岸議題，也跟當時重大問題一樣，朝野各黨都有自己的立場，甚且有相當的差異。 因此，如果要形成一定之共識，各方都要有相當之妥協忍讓。因此，當時在野的民、新兩黨代表都強調，這些共識之達成，必須是以在野黨及具代表性之各界人士能充分參與未來關於 兩岸之重大決策為前提。國民黨的代表對此意見不表異議。
因此，後來大會正式達成之 36 項「共同意見」中，首先標舉「為整合國內各界對兩岸關係之意見，俾凝聚共識，政府未來關於兩岸之重大決策，應強化在野黨及具代表性之各界人士充分參與之機制」，並與最後一項「建議總統另設兩岸關係決策之諮詢機構，其成員應包括在野政黨及具代表性之各界人士」相呼應。
這一共同意見很快獲得回應，李登輝總統在閉幕典禮致詞時，除了再一次強調召開國發會的目的，「是為了凝聚社會的共識」，說當前也是一個「溝通協商」的時代，在推動改革的過程，不能採取「擅專獨斷」的作法，而必須透過溝通協商，凝聚改革的共識。最後，他 回應「兩岸關係組」在總結報告中的建議，宣告「總統府將成立國家發展諮詢機構，暫設憲政體制、經濟發展和兩岸關係三個研究諮詢小組，必要時也可增設其他研究諮詢小組，適時邀請政黨及社會各界代表，針對國家發展的重要課題，進行研討協商，凝聚共識，共謀最佳對策。」
然而，很可惜的，不知道什麼原因，一直到2000年政黨輪替，這個諮詢機構並沒有設立。國發會之前，類似最高決策諮詢機構之「國統會」，因最大在野黨民進黨不參與，以及其他原因，大約在 1992 年第九次會議後，基本上已處於閒置狀態，有如例行之應卯，角色及功能大大弱化，與剛成立時不可同日而語。正因此，在野力量之爭取參與兩岸決策，建議設置諮詢機構，是有其現實背景的。
政黨輪替後，民進黨的陳水扁接任總統，一方面，朝小野大，泛藍陣營在立法院佔優勢；另一方面，北京要求新總統在兩岸政策上接受「一個中國」原則，以致兩岸關係陷入低迷，朝野對兩岸關係政策幾乎各說各話、相互攻擊。由於政黨輪替前，藍營之兩岸關係原則環繞「一個中國」原則，且跟北京又有環繞 92 會談之相關爭執，而綠營則拒斥「一個中國」 原則，為處理相關問題，並且緩和情勢，陳總統就任後，公布《跨黨派小組設置要點》，設立任務編組性質的「跨黨派小組」，邀請李遠哲擔任召集人，後來提出《三個認知，四個建議》。 由於泛藍陣營的抵制，小組大約在提出《三個認知，四個建議》後，慢慢無疾而終。
2004 年，陳水扁連任，國內外政局仍然動盪不安，為緩和朝野之對立，陳總統在就職演說中宣示，他將在他 2000 年就職演說所揭櫫的原則和承諾之基礎上，進一步邀集朝野政黨及社會各界共同參與，成立「兩岸和平發展委員會」，凝聚朝野的智慧與全民的共識，擬 定《兩岸和平發展綱領》，共同策進兩岸和平穩定、永續發展的新關係。 （相關報導： 風評：民主台灣三十年─唱個歌都能打到流血？ ｜ 更多文章 ）
這項宣示，雖經當時的國安會展開幕僚規劃作業，並展開探詢包括前跨黨派小組召集人李遠哲等重要意見領袖及非綠營政界人士之意見，草凝《兩岸和平發展委員會設置要點》， 然當時朝野緊張，經初步非正式接觸，均得到負面之回應，親民黨立院黨團且凝具《維護中華民國民主法制，台灣人民當家作主，促進海峽兩岸和平法》草案，交付立法院內政委員會審查，後來並改由國民黨團、親民黨團共同提案。由此可見當時朝野、藍綠分歧爭議之大。 後來，「兩岸和平發展委員會」之設立被迫擱置，當然也談不上《兩岸和平發展綱領》之擬定 了，而藍營之《促進海峽兩岸和平法》也因爭議無共識沒有文成立法。
2008 年政黨在輪替後，這個議題就歸入歷史檔案了。再回頭看國發會一些具關鍵性意涵之「共同意見」及其歧異。
兩岸關係中，不只我們內部各黨派之間，而且兩岸之間最敏感、最棘手的議題，也是分歧最大的當然是兩岸的定位問題。對這個問題，協商小組討論非常激烈。他們討論後同意，當前兩岸的事實狀態是，1912 年以來，中華民國是一個主權獨立的國家，1949 年以後， 中華人民共和國亦成為一個主權國家。但是，這兩者之間的關係要怎麼定位？在評估各種可 能的定位方式及各黨的立場後，小組決定建議，從 1970 年代 “one nation, two states” 這一 「布朗德主義」 模式思考，它從存在「兩個政府」這個歷史事實出發，在事實狀態的基礎上， 依主權國的地位，聯合國憲章中一切國家主權平等的普遍性原則，互相尊重對方為國際法中的主體地位，但同時因現實政治的考慮，規避相互間的「國際承認」，彼此間不以外國關係對待。小組討論時認為，這樣既能照顧到國、民兩黨強調「存在兩個主權國家」的事實狀態， 野能照顧到國、新兩黨追求國家統一的立場，或許也可以考慮到兩岸非外國關係，留下一些法理的聯繫可能，所以，小組建議這樣表述：
「多數人認為：1912 年以來，中華民國即為一主權國家；1949 年以來，中華人民共和國亦成為一主權國家，雙方互不隸屬，但彼此間並非外國關係。」
「在基本定位上，各黨對於兩岸關係未來發展方向有不同意見，而現階段在處理兩岸關係上，多數人認為『準國際關係』較妥」。
協商小組很冷靜地認知到，這樣的表述極具敏感性、爭議性，果然，在向大會報告後即引發相當爭議。
事後回顧，大部分爭議所持的說詞，其實是回到本來的立場，換句話說，是回到協商前的本尊，而不是從溝通理性出發去尋求妥協、共識。比方說，新黨有代表表示不能接受「中華人民共和國亦成為一主權國家」，亦不能接受把「中華民國」與「中華人民共和國」並列，說這有「兩個中國」之嫌。又比如說，有國民黨的代表提議把「1949 年以來，中華人民共和國亦成為一主權國家」修改為「中華人民共和國政府亦成為一現實有效統治的政府」，或回到國統會「兩個對等的政治實體」的表述方式。而民進黨也有代表不能接受「彼此間並非外國關係」的說法，強調兩者的關係是國際關係。
這些說詞其實都只是回到原來的立場。如果這樣，那這一旨在尋求共識的會議就算失敗了，又回到「盍各言爾志」各說各話了。因此，擔任會議共同主席之一的許信良乃提議， 刪除還不能達成共是的部份，僅就有共識的部份加以表述，結果，這一最關鍵、最敏感的「兩岸定位」問題，最後遂這樣表述： （相關報導： 風評：民主台灣三十年─唱個歌都能打到流血？ ｜ 更多文章 ）
「自 1912 年起，中華民國即為一主權國家；自 1949 年中共政府建立後， 兩岸即成為兩個對等政治實體。但由於兩岸關係錯綜複雜，且各黨對於其未來發展方向仍有不同意見，因此，必須以最大耐心與智慧尋求共識」。
這一表述最後在正式會議中通過，成為 36 條共同意見的第二條。
回顧相關文獻，協商小組最先提出來的建議確實比起現實有些超前，無法為與會者完全接受，但為顧全尋求共識之前提，經各方妥協，回到相對保守，基本上回到國統會「對等政治實體」這一更一般、更模糊的定位表述。但不管怎麼樣，當時各黨都願意在現實基礎上就敏感問題坦承協商，求同存異，尋求共識。這是那次會議最可貴的精神。這精神很清楚貫串在其他敏感性相對比較低的具體問題上，如經貿策略。
國發會的召開，其實是特殊時空下的產物。一方面是整個國家正在經歷從動員戡亂之非常體制，過渡到民主憲政體制之正常體制，在這一正常化的過程中，李登輝以其承續威權體制遺絮，又首次承受全民選舉之付託的特殊歷史地位，針對當前國家社會發展所面臨長久有分歧的重大問題，召開具政治協商性質之會議，其本身就深具歷史意義。另一方面，正因這段歷程是一個艱辛的正常化歷程，除憲政體制等內部問題，更有如何重新定位兩岸之現實的問題，這就除了尋求內部妥協共識外，更須尋求兩岸間某種相互的妥協、相互的忍讓， 這比起憲政、經濟發展議題，更具敏感性。
國發會後，相關改革工程陸續進行，如精簡行政層級的凍省等，兩岸間也因彼此的互信不足，衍生許多風波，包括「特殊國與國關係」的風波，接著是政黨輪替，風波不斷，兩岸官方往來中斷，反倒胡連會、胡宋會等之類不具官方性質之渠道絡繹於途。在這樣的新時空中，除了兩岸協商解決問題、降低緊張的相關機制不存，連以總統直接選舉為核心之民主轉軌工程中很值得珍惜的經驗，即以協商尋求妥協共識的機制、精神已不復存在，內部如此， 兩岸也大抵如是，因而，各方一再走著前人走過沒走通的路，一而再，一而再。
然而，過去這些年，我們也走過很多走得柳暗花明又一村的路。這篇應命而未完的札記只是想幫自己整理、記起曾跟大夥一起走過的路。如露亦如電，應作如是觀。 （相關報導： 風評：民主台灣三十年─唱個歌都能打到流血？ ｜ 更多文章 ）
＊作者為前國安會副秘書長。本文為台灣研究基金會舉辦之「總統直選與民主台灣」研討會發表之論文初稿，授權轉載。原標題為：〈總統直選制對兩岸關係影響〉
