民進黨執政推動「轉型正義」重要法案──《財團法人法》，明年2月即將正式上路，由於該法立法過程，發生醫療財團法人長庚醫院「控股化」爭議，立委在朝野協商過程，特別增訂財團法人投資單一公司，「持股比率不得逾該公司資本額5%」限制，沒想到，這項規定對於適用特別法的宗教、醫療、學校財團法人，完全沒有適用，卻對其他財團法人產生限制。據了解，由於《財團法人法》上路後，對單一公司持股逾5%之財團法人，必須在1年內將持股比率降至5%以下，部分以財團法人控股之企業已大為恐慌，包括新光、永豐餘、大陸工程等財團下轄之財團法人，都將被迫賣股票。
今年6月完成立法的《財團法人法》即將於明年2月1日正式施行，這部為了解決國民黨政權來台後，接收日產成立電信協會、郵政協會與糖協等機構，以及處理戒嚴時期政府捐贈之國語日報、蔣經國基金會等「公辦財團法人」，而訂定之法律，主管機關若認定其未達成「社會公益」目的，或有規避政府監督之情事，得將其強制買回。
然而，這部「轉型正義」的轉型對象，竟然意外地轉到了民間捐助財團法人身上。
「財團法人控股條款」反害企業受衝擊
據了解，《財團法人法》立法過程，對於民間財團法人原本係採取低度監理作為，儘管當時包括段宜康等立委要求規模3000萬元以上之宗教財團法人，也必須符合財務資訊公開原則，但因為宗教團體反彈甚烈，為了能讓立法院順利通過，《財團法人法》最後以「鋸箭法」方式，將宗教財團法人排除在適用範圍。不過，為了解決財團法人「控股化」問題，該法在朝野協商最後一刻意外迸出了「財團法人控股條款」，即規定單一公司持股比率不得逾5%。
據了解，儘管「財團法人控股條款」，明顯係針對醫療與教育財團法人，但由於該法第1條明文規定，「財團法人之許可設立、組織、運作及監督管理，除《民法》以外之其他法律有特別規定者外，適用本法」，列席的衛福部與教育部官員，認為醫院與私立學校財團法人，在監理上優先適用《醫療法》與《私立學校法》，因此，並沒有表達反對意見。
沒想到，這項立意良善的「財團法人控股條款」，卻反而害到了醫院、私校以外的財團法人，不僅引發企業界反彈，沒有特別法可以適用的公辦財團法人，也將因此受到衝擊，包括華航大股東航發會、中鼎工程大股東中技社等財團法人，都將因此受到衝擊。
據了解，由於台灣上市櫃公司大股東，長期以來透過財團法人「控股」的方式行之有年，「財團法人控股條款」上路後，部分財團法人依據該法規定，必須於1年內將單一公司之持股，降至5%以下，讓許多企業大老闆大為恐慌。 （相關報導： 一國多制！醫院、私校享豁免待遇 財團法人控股條款管不了 ｜ 更多文章 ）
根據證交所公開資訊，檯面上的大型企業，包括永豐餘旗下的信誼基金會（持有永豐餘5.66%）、欣陸控股（大陸工程）的浩然基金會（持股10.63%）、士林紙業的萬海航運社福基金會（持股6.98%）、東南水泥的福康文教基金會（持股6.79%）、陳趙樹公益慈善基金會(持股5.84%)，未來都將被迫賣股票。上述受影響之企業，多半為歷史較為悠久之企業。
