轉型正義已是近年來最夯的公共議題，目前至少已有兩件由臺北高等行政法院審理中的案件，因為合議庭確信黨產條例有諸多規定違憲，而向大法官聲請釋憲。但是，除了被黨產會認定的附隨組織以外，立法院也在今年6月通過了全新的「財團法人法」，明年2月1日起就會正式施行，對於國內的財團法人而言，本法相關規定在某種程度上也隱含了財團法人必須轉型，才能實現公平正義（公益目的）的意味。
根據統計，我國目前登記有案的財團法人已超過10萬個，許多財團法人多年來致力於整合民間資源及志工力量，以靈活且有彈性的組織，透過及時有效的方式，在環保、勞工、居住正義、兒少保護、老人福利、兩性平權、移民政策、醫療衛生、文化藝術、消費者保護等重要公共議題上，積極扮演關鍵的角色，許多財團法人不僅長期和公部門「唱反調」，甚至對於政府推動的若干政策發揮「採煞車」的功能，與公權力具有某種程度的緊張關係。
正因如此，所以政府對財團法人所採取的管制手段，更應嚴格檢驗其合理性及正當性。舉例而言，本法將財團法人概分為「政府捐助」及「民間捐助」，但即使是民間捐助的財團法人，只要符合一定條件，且被主管機關認為有「加強監督」之必要，主管機關即可介入民間捐助財團法人的組織及事務運作，例如得以書面或實地查核方式取得相關資訊，甚至在一定條件下解除財團法人全體或部分董事，乃至於董事長之職務（參照「財團法人法」第63條規定）。
姑且不論本條規定可適用於本法施行前符合一定條件的民間捐助財團法人，可能違反不溯及既往，以及平等原則等等的違憲問題，至少基於「法律明確性原則」的要求，立法者也應該清楚說明，究竟何謂有「加強監督之必要」？特別是許多財團法人可能在諸多公共議題上，是對於政府及官員嚴厲批判，甚至長期反對特定政策，因此和公權力處於對立，甚至激烈對抗的立場。然而，「財團法人法」不僅並未清楚定義公權力得強制介入財團法人事務的「紅線」，法條中甚至欠缺基本的「例示性規定」，此種不確定法律概念日後在適用上，勢必會引起諸多爭議。
另一個爭議性極高的條文，則是在一定條件下，政府可透過捐贈財產的方式，將原本因接受民間捐贈而成為民間捐助的財團法人，再回復為政府捐助的財團法人（參照「財團法人法」第68條規定），而且一旦回復為政府捐助之財團法人，主管機關即可取得至少二分之一以上的董事決定權（參照「財團法人法」第48條規定），姑且不論回贈的受贈對象究竟是誰，在法律解釋上已有疑義，這樣的制度設計真的是好的處理方式嗎？恐怕未必如此。 （相關報導： 宗教基本法》免受《財團法人法》監督還不夠？新草案形同給了「財務金鐘罩」！ ｜ 更多文章 ）
首先，財團法人並非「主管機關」的下級機關，反而是主管機關應為非營利組織提供各項支援，以共同達成公共任務，在非營利組織力有未逮時，再由政府為之，也就是所謂的「國家補充原則」（亦即政府再造所追求的「民間能做，政府不做」），且主管機關對於財團法人的監督，原則上應限於合法性監督，除非有特殊的例外情況，才能進行目的性或妥當性監督。但是，本條的設計方式卻未見任何「輔導」或「協助改善」的先行機制，而是允許主管機關可以直接行使買回權。更何況，政府之前才向軍公教警消等公務人員表示，實施年金改革的一項重要理由，乃是國家財政困難，但是簡化政府業務、減少國庫負擔，其根本理念即在於「緩和管制」，也就是透過民間團體的自治性、多元性及前瞻性，將其活力注入原本應由政府執行之業務。如果利用政府預算以回贈方式買回財團法人，勢必增加政府的財政負擔，反而使國家的財政惡化情況更雪上加霜。
