財團法人之性質雖然是非營利組織，但為了達成財源自給自足之目的，除了可以對外募款並接受社會大眾及企業捐贈外，在符合法令規定，而且不違反捐助章程的情形下，財團法人也可以投資營利事業，只要最後將所得之利益用於公益事業，即無違反財團法人之成立目的（參照司法行政部（52）台函民字第4512號函）。所謂的「投資」營利事業，自然包含購買公司股票在內，因此，許多法令都明文規定，財團法人可以在財產總額的一定範圍內（例如二分之一或三分之一），本於安全可靠原則而為有助於增加財源之投資，或購買依法核准公開發行上市、上櫃的股票或公司債（參照「國防事務財團法人設立許可及監督要點」、「行政院環境保護署審查環境保護財團法人設立許可及監督要點」、「行政院農業委員會審查農業財團法人設立許可及監督要點」等等）。
我國的「財團法人法」將於明年2月1日正式施行，依據本法第67規定，原則上，除了「財團法人名稱」、「捐助財產總額」、「民間捐助之財團法人董事產生方式」這三種情形外，凡是與「財團法人法」規定不符者，都必須在本法施行後一年內補正（情形特殊者，可報經主管機關核准延長補正期間）；屆期未完成補正者，主管機關即可廢止財團法人的設立許可。換言之，除了極少數的例外情形，本法相關規定都會發生「無限期溯及既往」的法律規制效力。
舉例而言，有關財團法人購買股票的比率，依本法第19條第3項第5款規定：「於財團法人財產總額百分之五範圍內購買股票，且對單一公司持股比率不得逾該公司資本額百分之五。」許多財團法人在多年來的低利率環境下，都必須依賴穩健且正派經營的公司股票相關收入，才能支應人事成本及舉辦活動的費用。因此，一旦新法實施後，許多財團法人的財務都會受到極大的衝擊和影響。
暫且不論立法理由中毫不區分股票是否屬於公開發行上市、上櫃，也完全不說明從原本的二分之一、三分之一，驟降為「百分之五」的合理依據為何，光是在執行面上，上開規定就會衍生出許多的問題。例如，如果因為公司減資，導致財團法人持股比率超過百分之五，此種情形既非可歸責於財團法人，又不能禁止公司減資，則在法律上究竟應如何處理？如果強制要求財團法人賣股票，就必須考量整體經濟環境及股票市場的股價波動情形，究竟在哪一個時間點賣出股票，對於財團法人及所持有股份的公司才是最有利，或至少不會因此而使其遭受到傷害。更何況，財團法人的財產總額也會因時間不同而變動，如果因為財產總額減少，以致違反百分之五的持股上限，此時在法律上又該如何處理？難道也是強迫財團法人必須把超過比率的股票立刻賣出？ （相關報導： 劉昌坪專欄：財團法人也要被轉型正義？ ｜ 更多文章 ）
此外，無償接受贈與和有償購買股票，兩者的性質及意義也完全不同，財團法人因為受贈與而持有的股票，是否也要受到持股比率「百分之五」的限制？如果法律要禁止的是「購買」股票，即應清楚規定因受贈與而持股逾百分之五的情形，並不適用上開規定。反之，如果認為財團法人即使是無償接受贈與，而「持有」超過百分之五的股份，也不區分情節而一律違反上開規定，則立法者更應清楚說明此一限制的正當理由為何，是否過於嚴苛以致不當限制財團法人的權利。
