近年來在台灣，轉型正義一直是個政治性大於司法性與歷史性的問題，威權時期政府倒行逆施的行為，確實是造成了不少的冤案。無論是閩南人、客家人、原住民還是外省人都有在白色恐怖時期遭遇政治迫害的經驗。他們當中有些人確實是為了在台灣推動紅色革命而死，但有更多的人只是提出了與兩蔣政權略有不同的政治意見就惹上了牢獄之災，甚至於丟掉小命。
這些不同的政治意見有主張台灣脫離中國獨立的，也有追求兩岸和解尋求第三次國共合作的，乃至於無關統獨議題，單純要求兩蔣開放更多政治自由的。還有一些人根本沒有任何政治主張的，只是在政府或軍方內部的派系鬥爭中站錯了邊就徹底被打成了異端。無論是從藍綠的角度來看，白色恐怖都是一筆政治爛帳，為了台灣的未來必須要予以清算。
然而無論是執政的民進黨還是在野的國民黨，對轉型正義的要求都有一定的選擇性。例如民進黨論及轉型正義，絕對不會提及對1945年以前日據時代的轉型正義，對於早年漢人迫害原住民的歷史亦是能輕描淡寫就輕描淡寫，沒有辦法如當今美國教科書那般詳細列出白人對待北美原住民的種族暴行。對於戒嚴時代許多民進黨人替國民黨當「抓耙仔」的往事，更是絕對的歷史禁忌。
馬英九前總統勇於為二二八事件與白色恐怖道歉的態度，確實在台灣社會贏得不少掌聲，也讓以廖繼斌先生為代表的一批政治受難者後人真心原諒與接納了國民黨。無論是統派的陳明忠還是獨派的黃金島等二二八事件或者白色恐怖倖存者，提到馬英九也都是讚不絕口，然而這並不代表國民黨完全面對了自己的黑歷史。
因為國民黨搞白色恐怖，或者以國家暴力迫害小老百姓的故事並不是在1949年撤退到台灣以後才開始。事實上過去在大陸時代，針對中共黨員與左派人士的白色恐怖可是從1927年的「四一二事件」就已經啟動，縱然中國共產黨是蘇聯赤化中國的工具，但遭受牽連的無辜民眾還是所在多有，所以中華民國的轉型正義嚴格來講也不應該只從政府遷台以後開始算起。
大陸時期的白色恐怖
中國國民黨的前身是以推翻清朝為目標的革命團體同盟會，由於有大量洪門與青幫等黑社會成員的加入，暗殺滿清官員從一開始就是國民黨尋求革命成功的手段之一。武昌起義成功後，國民黨員持續將暗殺做為對抗北洋政府或者在黨內爭權奪利的一種手段。蔣中正就在陳其美的指示下，暗殺了與孫中山對立的光復會領袖陶成章。
後來進入國共合作的時代以後，同時具有國共雙重黨籍的毛澤東就以全國農民協會總幹事的身份，在湖南發動暴力革命，針對鄉村地主進行階級鬥爭。由於他所領導的中央農民運動講習所得到北伐軍中的左派支持，人們也普遍將毛澤東在湖南發動的紅色恐怖列為國民黨在大陸時期的暴行。直到蔣中正1927年發動清黨，將紅色勢力從黨內還有軍中連根拔起之後，國民黨才得以擺脫紅色恐怖的形象。 （相關報導： 許劍虹專欄：美「中」對抗下的華裔美國人 ｜ 更多文章 ）
可取而代之的卻是白色恐怖，許多中共黨員、左派人士甚至於對共產主義有所嚮往的工會領袖都在「四一二事件」中被清掃乾淨。蔣中正清黨的目的並不只是要將共產黨這個蘇聯代理人給連根拔起，還要順道剷除汪精衛與胡漢民等黨國元老的影響力。所以基層的國民黨黨部同樣遭到清洗，黨員幹部無論是親共左派還是反共右派通通都慘死於北伐軍與青洪幫的槍口之下。
