近數年間發生了多次財團法人醫院管理階層任意解聘醫護人員的事件，完全無法通過《勞動基準法》第11、12條有關「合法解雇員工」的要件，在在顯示財團法人醫院管理存在著濫權違法的問題。彰顯目前現行財團法人醫院層出不窮的治理問題與內外控監管措施的鬆散，這類會直接影響職場氛圍與服務品質的偏差行為與背後的惡性循環，已是臺灣社會有目共睹的醫護職場的普遍現象。
社會大眾甚至包括公職人員，許多人一直誤認財團／教會／家族捐贈成立的財團法人醫院，就等於是捐助人所有。其實當初捐贈基金成立財團法人時，財團法人就擁有它獨立的法人格，基金不再屬於捐助人財產，縱使日後醫院清算解散，基金也不會回歸原始捐助人，而是歸於地方政府。此因財團法人的性質是非營利之公益法人，因此其基金的性質是社會資產。
財團法人醫院是社會公共財，因而得以享受免稅特惠，但如何維持其公益性，而不使其淪為私人禁臠，則關於該如何監督與確保它們能達到社會大眾所需要的醫療服務品質，保證盈餘運用於提升醫療設施和改善醫護工作環境，是主管機關的責任，主管機關有公權力與公信力，來善盡其職責。
臺灣醫療改革基金會過去的醫院財務報表分析顯示，儘管醫院長期盈餘，不用繳稅，但人力經費比率還不斷下降，同時不斷通過捐贈與擴充建設與裝備等方案，讓醫院財報盈餘縮水或變成醫療本業赤字。
《醫療法》第41條明定，財團法人醫院如果辦理不善，中央主管機關得視情節予以糾正、限期整頓改善、停止其醫療業務或廢止許可。但衛生福利部卻長年坐視若干醫院管理亂象而不聞不問，惡果則讓醫護人員與病患承受，不但公權力未得伸張，所有被不當對待的員工以及病患，在《憲法》所保障的基本人權，如工作權和健康權等，根本無人聞問，政府的誠信蕩然無存。
大部分財團法人醫院背後，都有與董事會成員如財團、教會或家族間利益輸送的重重疑雲。財團法人醫院常藉由「散財童子」、「萬年包租公」、「金主變債主」、「裙帶外包」四大手法，與董事會相關團體或個人進行巨額交易，理當負責把關的董監事會，卻常出現「董監互換」、「隻手遮天」、「董事變股東」、「國王人馬」等四種類型問題導致董事會淪為黑色橡皮圖章，監事的內部稽核完全失靈的普遍狀態，內外部都難以監督，特別是其中的金流與稅賦漏洞，是否也符合《洗錢防制法》的調查要件？實有必要建議監察院介入調查，衛福部、內政部相關主管機關也應負起監督職責，謀求健全公益性的改善之道，消弭惡性循環之積弊，永絕後患。 （相關報導： 波波醫生「刺穿子宮」很離譜？名醫解析爭議怒喊：普通人都不會做成這樣 ｜ 更多文章 ）
目前全國僅有一家振興醫療財團法人振興醫院，在2018年前中華民國婦女聯合會理事長辜嚴倬雲辭卸董事長後，辜家、中國國民黨和婦聯會的直接控制已經拿開，理論上為一能真正超越於任何利益集團影響的非營利性公益醫院。該醫院為婦聯會捐助新臺幣15.2億元成立，多年來經過數屆董事會領導轉型改組，早已轉型為財團法人，但由於董事會對於醫院經營長期缺乏管理與監督，選任之董事亦無暇與無能關心過問醫院經營，監事虛懸，毫無作用，導致醫院治理完全任由醫院院長一人掌控，雖然有工會組織，但是醫院管理階層，對工會力量深懷戒懼，乃無時無刻都防範工會，破壞工會幹部的誠信、干擾工會的運作，甚至無正當理由，即對工會幹部做出職務調動或解聘的處分。
