藻礁公投來勢洶洶，一度衝擊2020年助民進黨在大選狂勝的校園年輕選票。不過，民進黨中央掌握資訊，藻礁公投在大學校園內的連署熱潮，3月8日後明顯退燒；民進黨指出，全國破百萬的大專院校學生，有參與連署表態的約在3%左右，其中，台大、東海、政大3所大學，連署數都有4000、5000份，這3校確實聲勢不小，尤其是位在台中的東海大學。
針對校園連署熱潮，環團出身、這次藻礁公投議題也積極和校園意見領袖對話，並警告黨內應該重視青年意見的民進黨不分區立委洪申翰認為，或許是該簽的都簽了，後來暴增的連署，確實多來自國民黨支持者。
東海大學連署逾5000份 台大、政大4000份居後
根據民進黨中央掌握訊息，藻礁公投中校園連署力道最強的，當屬有深厚人文底蘊的的私立東海大學，連署份數超過5000份；台灣高等教育龍頭國立台灣大學及被視為社會科學領域第二強的國立政治大學，校園連署數也都超過4000份，這3校堪稱校園連署的主力。
至於其餘大學，連署能量明顯少很多。學生數眾多的私立綜合性大學，主校區在陽明山上的文化大學簽出近3000份；理科為強項的私立中原大學超過2000份較為顯著，算有一定熱度；其餘如天主教會系統的老牌私大輔仁大學、國立名門清華大學等，多在千餘份左右。
民進黨相關幹部說，藻礁公投校園連署動員，最積極的應是環境、生命科學相關學系，有老師帶著學生，學長姊動員學弟妹串連；但各大學較關注公共事務的自治組織、異議性社團，正反大約是五五波，經溝通後有多能持平看待，其他的一般學生，關注熱度就不高。 （相關報導： 政院提對案對決8月公投大戰「蘇貞昌不樂意」？成敗牽動挺蘇反蘇敏感神經 ｜ 更多文章 ）
黨內幹部指出，這波藻礁公投在東海大學熱度確實非常高，台大、政大也有不小能量，但學生連署熱度卻在婦女節後明顯衰退。事實上，根據民進黨掌握，校園學生連署占總體連署的比例並不高，最後應該約不到5% 。
