日本國立大學自文部科學省獨立出來至今已約15年，但近日仍傳出該省向國立大學募款，給予病逝職員遺屬的消息。《朝日新聞》獨家報導，文科省幹部以募集一名病逝男性職員小孩的「教育資金」，於今年8月聯名向各地的國立大學募款，請求每間大學捐出1000日圓（約合新台幣270元），據說總計募得200萬日圓（約合新台幣54萬）以上。除近期的募款外，2011年11月也出現相同案例，引發日本媒體關注文科省與國立大學之間的關係。
【文科省と国立大の特殊な関係】
— 朝日新聞デザイン部 (@asahi_designbu) 2018年11月15日
国立大学が文部科学省から独立した法人となり約15年。
今なお、同省幹部が全国の国立大学に、病死した同省職員の遺族への寄付金を募っていたことが明らかになりました。
背景には今も続く同省と国立大学の「特殊な関係」がありました。https://t.co/CePThFKBtX
文科省在募款的文書中，以「鼓勵（失去親屬）的家族」、「幫助其小孩成長成人」等作為開頭，呼籲各地大學盡微薄之力捐款。這項募款的發起人，包括事務次官清水潔、日本體育振興中心理事藤原誠、後來的事務次官前川喜平等5名審議官，加上高等教育局長，總參與人數多達45人。
《朝日》稱，國立大學雖已從文科省獨立出來多年，但受雙方擁有「獨特」的互相交流的人事制度，才導致文科省長年向國立大學募款。而這項獨特的人事制度，便是指部分國立大學或相關法人的事務職員，會趁年輕時「轉任」至文科省；而後累積約15年的資歷後，再回到國立大學擔任管理階層，如財務課長、總務課長等。
擔任管理階層約2年後，這些職員又會再「回鍋」文科省，而後再轉至別間國立大學或獨立行政法人，大學的事務局長多半由文科省轉任的職員獨佔。據文科省統計，截至2017年1月為止，國立大學中擔任課長級以上的職位，又是文科省出身的職員，86所大學中總計有83所，總計241人，占率十分驚人。
至於為何要向全國國立大學募款，事務局相關人員表示，由於這類職員多半在文科省和國立大學間轉任多年，很難判別其人脈究竟在哪，所以政府才向所有國立大學發出募款通知。但部分職員認為，除這類職員曾就職的大學以外，根本不會有校方把募款當一回事，甚至有職員指出，若病逝職員沒有文科省的背景，便無法請求文科省替遺屬募款，批評政府作法差別待遇；但也有國立大學職員表示，這種潛規則已有逐年改善的情形。
