蔡政府力推農田水利會由現行「法人制」升格為「公務機關」，取消會長、會務委員選舉，並改為「官派」，被視為劍指地方派系。根據綠營「經濟及司法聯席小組」規劃，改革分兩階段，第一步先將現任會長延任，其次才是配合組織法修正，將水利會改制成「農村及農田水利署」，攸關延任的《農田水利會組織通則》預定在本月下旬初審、下月臨時會三讀；知情人士強調，水利會改革是民進黨既定政策，「一定就是要推動。」
由於下屆水利會長選舉將於明年2月公告、4月改選、6月就任，因此修法有「時程壓力」。根據行政院規劃，目前全台有17個農田水利會，會員超過150萬人，修法將台灣北基等15個農田水利會第4屆會長及會務委員的任期延長至2020年9月30日止；台北市七星、瑠公農田水利會第4屆會長及會務委員任期仍維持到2020年9月30日止。
不過，民進黨立委黃偉哲亦另提修法版本，水利會官派內容與行政院版大同小異，但會長及會務委員選舉停止的時程略有不同，黃仍主張要辦理第5屆選舉。一名不具名綠委分析，恐與黃偉哲台南市長選舉有關，以此版本向反對的選民表態。
黃偉哲受訪表示，他個人持開放態度，基本上水利會走向官派、公部門化的方向一致，但希望改革衝擊不要這麼大，因地方水利會人士有向他反映，有人已經開始準備選舉了，究竟是「直接過渡」或是「間接過渡」比較好，可在審查時充分討論。
不同縣市農田水利會「有藍有綠」，各有其政黨傾向，即便民進黨政府可說服「友軍」配合改制，仍須面對國民黨勢力的挑戰。國民黨中央日前也已定調，將全力反對修法，唯恐地方組織「被拔樁」，以致地方勢力瓦解。
據了解，行政院版及部分綠委相關修法原訂上周五表決付委審查，然本周為了要《勞基法》完成初審，避免國民黨團借題發揮、大動作杯葛，不要讓一例一休「開花」，黨團幹部才決定暫時按兵不動，「算是做給國民黨面子」。
不過，根據民進黨團規劃，本會期待處理事項繁多，在一例一休出委、促進轉型正義條例完成三讀後，包括監委人事同意權、稅改以及明年度中央政府總預算等案亟須「朝野和諧處理」，因此水利會改革如何妥適「拆彈」，考驗綠營智慧。民進黨團總召柯建銘表示，「具體推動時程，仍須內部討論。」
黨內人士指出，水利會淪為政黨的選舉機器、樁腳是不爭的事實，長期被地方派系把持，形成一個穩固的系統，利益關係錯綜複雜，更有「服務看顏色」的狀況，因此回歸「公部門」，由中立的公務員負責，才可確保全體農民的權益。
此外，蔡政府力推水利會「官派」，除了終結地方派系角力、統籌運用水資源外，另一項重點就是處理水利會坐擁的龐大資產，並解決水利會彼此「貧富差距」的困境。
根據農委會的資料，水利會現金存款約有679億元，另外指定用途的基金約77億元，包含存出聯合建設基金12億元、輔建基金7億元、職員退撫基金19億元、固定資產建設基金32億元以及農地重劃經費準備7億元。
台北市瑠公農田水利會 財產223億元
至於水利會「貧富差距」部分，台北市瑠公農田水利會財產居冠，共有223億元，而台中則為94億元、桃園為70億元、高雄為56億元、台北市七星則為42億元，反觀北基、苗栗、南投、屏東、花東卻都不到10億元。 （相關報導： 農田水利會改官派被轟 蔡培慧緩頰：因應極端氣候，水資源應用「灌排分離」 ｜ 更多文章 ）
黨內人士指出，未來水利會相關財產將會收歸「國有」，並成立專款專用的非營業基金，繼續服務農民，以避免「有錢的不做事，要做的事的沒錢」的窘境。
