澳洲要求為外國勢力服務，影響國內政治或政策者，須登記為外國代理人，研究機構也不例外。孔子學院課程、教師、評量全由漢辦決定，且打壓不同觀點或進行政治宣傳，未來可能被定位成外國代理人。
七月二十五日，澳洲調查記者杭特（Fergus Hunter）於《雪梨晨驅報》（The Sydney Morning Herald）揭露中國國家漢語國際推廣領導小組辦公室（漢辦）與澳洲十一所大學針對設立孔子學院的契約書，條款中載明各大學必須接受漢辦對孔子學院教學品質的評估，並執行漢辦授權或委託開展的活動，且活動必須「符合《孔子學院》章程，並尊重中國的文化習俗，不違背中國的法律法規」，而引發爭議。
幫美國做政策研究也要登記
澳洲教育部長特翰（Dan Tehan）表示，與外國機構合作引進教學單位的大學，必須堅守機構、課程設計及評量標準的自主，符合教學品質與學術自由的標準，並應遵守澳洲法令，包括二○一八年通過的《外國影響力透明化計畫法》（FITS）。特翰並說，法務部已啟動調查，審酌數所大學就孔子學院與中共當局之間的安排，是否需要依法登記。
澳洲外國影響力透明化制度，要求為外國勢力在澳洲國內從事政治活動，取得政治影響力或影響政策之行為者，須登記為外國代理人，讓公眾能夠得知影響政策形成背後的外國勢力為何、其與代理人之間的安排，以及影響方式與程度。研究機構也不例外。
澳洲已有兩個研究機構登記為外國代理人，一是美國研究中心（USSC），因為它受美國國務院委託，在澳洲執行「印太戰略展望」研究案，並對美國澳洲區域政經策略做政策建議。另一個機構是珀斯美國亞洲中心（Perth USAsia Centre），因為其與USSC合作，於澳洲各地舉辦工作坊，培養美澳關係方面的年輕領袖。
黨校、行政學院、中文學校一條龍
從透明化角度，一旦機構進入國內政治程序，從事影響政策的提倡、培訓或公眾溝通，要求行為者揭露其背景及活動資訊，本是民主社會的正當要求，從未聽說這些機構主張其權利受侵害，更別說受到打壓。
中國的孔子學院是由中國教育部轄下的漢辦管理，經費也完全來自教育部。從○四年成立至一八年底，已在全球逾一五○個國家和地區建立了五百多所孔子學院，其角色也由語言教學擴展到文化推廣及軟實力的宣揚，可說是中國文化外交的一部分。
一項看似軟性良善的制度，之所以引起合作國家疑慮，首先在於學術自主性：漢辦是中國的國家機關，到處設立孔子學院，又藉由金錢與人員的投注，取得課程設計與人事的發言權，等於在世界各大學建立其分支機構。這是為什麼孔子學院在澳洲引起極大爭議的原因。
第二層疑慮來自對合作學校內觀點多元與意見自由交換的不利影響。例如，是否因為拿了中國的錢，批評中國的聲音、對中國敏感話題的討論，像是台灣、新疆、西藏等，會受到壓抑? （相關報導： 六四30年》中國藉孔子學院滲透海外 西班牙社運人士：利用西方對中國的模糊認知達成政治目的 ｜ 更多文章 ）
對於中國而言，無處不政治，孔子學院也不例外。據海外中文媒體報導，一○年胡錦濤在內部談話中曾說，廣建孔子學院，「不是由於我們忽然喜歡起孔子，也不是由於我們要回到五四運動以前的孔孟時代。我們在全世界廣泛布設各類中文學校，就是為了增強我們黨的影響力，在各個國家、各個民族中發現和培養我們黨的同情分子和黨外積極分子……，以建立黨校、行政學院、中文學校一條龍。」
