內政部辦理性別變更登記始於1998年。當時依一紙函釋，只要持兩名精神科醫師評估鑑定診斷書、合格醫療機構開具已摘除性器官診斷書、器官重建證明（2008年省略此程序），即可至戶籍地的戶政事務所辦理性別變更登記。
2015年，前立委丁守中與前民進黨主席施明德再提呼籲，希望免摘除生殖器官以符人權法制及程序。內政部經半年會商研議，提出立專法等八大申請登記處理原則，方案陳報政院至今仍議而未決。
官員透露，行政院最近全面盤點性別變更所涉法規、跨性別定義、變更要件、國際做法等，但衍生問題如一生可變更性別幾次、不摘除性器官者的性別變更年齡若都修正至十八歲，男性涉及兵役問題如何處理、是否建置第三性、成年後的陰陽人如何確保「性別變更自主權」等，都令行政院苦惱不已。
行政院一日不決，依現行規定，就多出一些因變更性別被摘除生殖器官的人。自2015年「免摘除生殖器」主張提出後，方案兩年未核定就多出161人摘除生殖器官，若以至今延宕4年推估，可能有超過300人的生殖器官「難以回復」。
內政部次長邱昌嶽道出問題的複雜性。他說，會決心摘除性器官變更性別的人，是因對自己性別不認同，有人形容是「夏娃的靈魂住在亞當的身體」，這是跨性別的問題，與釋憲認可的同婚不見得有關係。（李順德）
