今年適逢二二八事件70周年，而蔡總統也揭示將落實轉型正義的政見，在這樣的氛圍下，如何深入探討二二八事件的歷史意義，催生二二八事件的轉型正義的報告，是值得國人省思的重要課題。
就轉型正義而言，原本就包含了真相的釐清、責任的追究的工作。而促進檔案進一步的開放與應用，是探討歷史事實的重要配套工作，進而可以在歷史的事實上，追究歷史的責任。追究責任一方面可以記取歷史的教訓，讓二二八事件的悲劇永遠不要再發生。另一方面，也可以提供社會和解的基礎，強化台灣社會的共感。
但是，為什麼會有二二八事件這樣的悲劇發生呢?過去，可能著重於追究執政者跟相關政治人物的責任，這個做當然很重要，但是，可能我們也需要考慮，是什麼樣的政治體制下才會發生這樣歷史的悲劇，過去的相關的政府機關到底做了什麼事，才會造成這樣的歷史悲劇？這也是需要進一步再追究的。同時，我們也必須思考，是什麼樣的文化衝突會造成這樣的歷史悲劇？為什麼會有一個不尊重自由民主、一個侵犯人權的統治政權會統治台灣？為什麼會有一個相對不尊重自由民主法治的政權，在過去曾經會長期統治台灣？這是在二二八事件發生70年後，我們應該再深思反省的。
1. 悲劇發生的結構性因素
在日本51年殖民的統治，臺灣菁英和人民也曾經不斷地爭取台灣主體性的改革，而台灣與中國之間也出現了相當的落差。戰後初期臺灣菁英或許沒有意識到此一文化落差的問題，而有血緣式為主的漢民族想像。因此，1945年日本戰敗投降，大多數的殖民地皆在追求殖民地解放時，台灣大多數菁英則是期待透過中國來台的接收脫離殖民地的地位。直到國民政府統治發生問題之後，前述的文化落差，才突顯出來。
其中司法制度的運作，是一個重要的面向。因為日本統治時期，司法制度已經有相當的發展，特別是社會菁英對司法的程序和獨立，也有相當的認識與期待。但是，國民政府仍然「人治」的色彩相對濃厚，對於司法體制運作相對不尊重。二二八事件之前發生的兩個嚴重的司法事件，便受到相當的關注。
其中一個是在二二八事件中遇害的王育霖先生，他本來是臺灣人在日本本土第一位檢察官，戰後回台繼續擔任檢察官的職務。當時他拿著搜索令要去新竹市查辦相關的貪污的案件，結果被市政府官員派警察把他包圍，搶了他的搜索令，他也因而被迫去職。另一個例子，是發生在今天的彰化員林，當時是台中縣政府所在地。當時是地方法院跟檢察官簽署相關的法律文件，由法警到員林要去拘捕在縣政府服務的嫌疑犯，到了當地也是被當地政府官員找來警察，把去執行公權力的司法人員包圍，甚至對法警開槍，導致受到重傷。這些事發生在二二八事件前的司法案件，實際上也是一種文化的衝突，對臺灣菁英而言，也難以接受。 （相關報導： 300名逃犯中只有9個存活…奧地利這個集中營的故事，告訴你轉型正義的真實意義 ｜ 更多文章 ）
其次，人民的期待跟政府的施政也會有一定的落差。對當時的臺灣菁英和人民而言，脫離殖民統治了，人民有機會當家作主，可是在公部門服務的台籍人數和比率，並沒有比以前改善，甚至有惡化的現象，比例越佔越低，而且還同工不同酬。再就經濟層面而言，以前是日本資本壟斷的產業，戰後是否台籍菁英和資本家有機會參與呢？問題是：當時陳儀號稱要實施民生主義、發達國家資本，在中央政府的政策下，日本時代一些重要企業，台灣人還是沒有機會參與。既然無法經營日治時期原有的企業，有些台籍菁英試圖由民間自己投資企業，看能不能有作為，結果在節制私人資本的政策考量下，仍然遭到打壓，也沒有機會參與。這些問題透過楊亮功的調查報告或是白崇禧的「宣字第一號」，都可以發現。楊亮功更指出政策面的根本問題：中央方面，對於新收復之領土，不惟不能多予以資本與原料之補給，以助長台灣產業之恢復發展，反而以種種徵收，以造成台灣經濟之貧血，與產業之凋敝。
