行政院組改業務自101年啟動至今，仍有6個部會尚未完成立法。為此，立法院院會今三讀《行政院功能業務與組織調整暫行條例》修正案，已第3度將「過渡期」延後至109年1月31日。
尚未完成組改的新機關組織，尚有內政部、經濟及能源部、交通及建設部、農業部、環資部、陸委會等6部會，原定於105年底落日的「暫行條例」已經兩度延長，又因期限將至，行政院才會再提案修法，再延長2年；另《海洋委員會及所屬機關組織法》已於104年6月三讀通過，且將於107年4月施行。
人事行政總處人事長施能傑在司法及法制委員會初審時表示，組改自101年啟動，已完成23個部會及其所屬合計102項組織法案的立法作業，尚有6個部會及其所屬組織法案還沒完成立法，盼延長暫行條例的施行日期，持續協調，使組改作業順利完成。
民進黨立委李俊俋在初審時則指出，行政院組織改造作業動作緩慢，過去7年只改了5個部會，其中4個只是改名稱，難以交代；他強調，組改工作必須靈活，不能僵化。
