行政院長賴清德的「務實台獨論」引起外界注目，總統蔡英文接受《中央社》專訪時則說，相信賴揆了解分際與整體政策走向，但被藍委解讀「講重話」，賴揆今（3）日上午答詢時說，他對此有不同理解，他認為，這是總統對他及行政團隊的信任與支持，他所說的「務實台獨論」日前都有公開談過，「相信這也是社會目前的最大共識。」
蔡英文接受《中央社》專訪時說，她無法規定行政院長一定要講什麼，但是相信賴清德知道分際和整體政策走向。國民黨立委蔣乃辛今上午在立法院質詢賴揆時說，蔡總統此回應是「很重、很重的話」，背後意思是「我才是老闆，你是我任命，應該要聽我的，怎可搶我風頭、工作範圍？」蔣更稱，他憂心往後會形成「大總統，大院長」的局面。
不過，賴清德指出，這個憂慮「應該不是事實」，他所謂的「務實台獨論」，第一，台灣是主權獨立的國家，名字是中華民國；第二，台灣前途由2300萬人民決定；最後，他接任行政院長的任務是發展經濟，沒有與過去不同。他表示，這也是多數民眾聲音，他不至於去違反總統職權。
遭蔣乃辛批「兩個太陽」 賴清德澄清：總統領導、閣揆執行
蔣乃辛接著說，蔡總統「講這麼重的話」，賴揆應該要去探討此問題，「你們之間到底誰大，自己要去平衡。」他表示，大總統、大院長意即「兩個太陽」，但一山不容二虎，恐影響整體施政。 （相關報導： 國慶日「中華民國」國旗被消失？賴清德：會非常多國旗飄揚 ｜ 更多文章 ）
賴揆回應則說，他與蔡總統關係明確，會在蔡的領導下持續推動政務；除落實蔡總統擘畫的藍圖外，也持續推動台灣的轉型進步。 他強調，總統展現領導，他是執行政務，他會在推動方面展現執行力，不會有「大總統、大院長」的衝突問題，也沒有功能、角色分工的問題。
