日本九州熊本縣連續3天發生大地震，災情持續擴大。16日凌晨多次地震劇烈晃動之後，南阿蘇村出現大規模坍方，阿蘇大橋也斷裂崩塌，造成交通網斷裂，阻礙救援活動。熊本縣政府表示當天確認22人死亡，171人重傷，738人輕傷。包括福岡、佐賀、大分、宮崎各縣的九州廣大地區都有人受傷。自14日地震以來，死亡總人數累計增至31人。
地震也重創了文物古蹟。熊本縣阿蘇市的「阿蘇神社」，被指定為國家級重要文物的「樓門」在16日淩晨的地震中坍塌。位於熊本市的熊本城，石牆在14日的地震中坍塌。位於熊本縣山都町的通潤橋，被譽為日本最大規模的石拱水路橋，也有受損。位於熊本市中央區、被視為日本紅十字會發祥地的洋館，也在16日淩晨的地震中全毀。
日本國土交通省表示，南阿蘇村的塌方造成57號國道以及JR豐肥線交通中斷。熊本縣當局表示，貫通南阿蘇村和西原村的俵山隧道塌陷。連接熊本市和阿蘇地區的主要交通道路已經不通。九州鐵路公司（JR九州）當地線路的多個區間從早班車開始停運。
靠近阿蘇大橋的南阿蘇村的東海大學阿蘇校區附近，4棟公寓的1樓部分受損倒塌。大學生等共11人可能被埋，救援活動正在進行。東海大學稱已確認有2名學生死亡。
據國交省介紹，熊本機場航站樓16日全天封閉，各航空公司已經確定停飛所有該機場航班。管制塔部分受損，空管人員疏散至另外的房間，仍在繼續使用緊急設備對自衛隊直升機等實施應對災害的空管業務。熊本機場以外的機場未有損失。
九州電力公司表示，截至16日凌晨4點左右，熊本、大分、宮崎3縣約20.37萬戶停電。此外截至凌晨3點，西部燃氣公司對熊本市內為主的熊本縣內約10.5萬戶停止供氣，逾9成用戶無法使用燃氣。
受16日淩晨連續強震影響，大分縣內也有房屋倒塌，多人受傷。在溫泉勝地湯布院和別府，遊客與當地居民在臨時安置點等處度過了難眠的一夜。在湯布院所在的由布市的住宅區，住戶院牆倒塌，破碎的玻璃散落一地。
