由中央研究院院士蔡作雍創立的「思源教育學術促進基金會」，日前發生台灣醫界史上最大逃漏稅案，基金會涉嫌協助上百名醫師捐款人「假捐贈、真逃稅」，檢調偵辦後共有27人不認罪被起訴、225人緩起訴，僅1人罪證不足獲不起訴。對此，教育部長吳思華表示，這次問題關鍵是捐贈人跟接受研究補助人剛好是直接對價關係，而過去基金會的管理沒有重視到這一個細節，他說會在2個月內作懲處。
立法院教育及文化委員會10日邀請教育部長吳思華進行「新世代高教藍圖與發展方案」專案報告，他會前針對思源基金會涉嫌逃漏稅一事做出說明。吳思華指出，2010年就曾經有人檢舉，但當時因為從基金會的資料上沒有看到特別的情況才沒繼續追查，直到這次才真正爆發；媒體問到過去是否沒有捐贈人與受益人的比對名單，吳思華說明，過去的確沒有相關資料，對於基金會的管理沒有到這個細節，但他也表示會在會在2個月內作懲處。
立委黃國書表示，目前教育部立案的基金會共有706間，它有監督的責任，根據《教育部審查教育事務財團法人設立許可及監督要點》第16條規定，教育部要派員檢查基金會的財產保管運用情形及財務狀況、會計帳簿及憑證之保存與公益及營運績效等部分，黃國書問吳思華與教育部有沒有盡到職責？
吳思華：比對名單過去看不到
對此，吳思華解釋，教育部的評鑑都有定期在進行，每5年會進行1次，上次評鑑是在2011年，但當時的書面資料沒有顯示問題，而這次的問題是捐贈人剛好就是受益人，這個比對名單是過去的資料所看不到的。 （相關報導： 「假捐贈、真逃稅」台灣醫界最大逃漏稅案 中研院士蔡作雍繳35萬換來緩起訴 ｜ 更多文章 ）
黃國書批，現在可是有706個基金會，他要求吳思華全面追查，至少也去抽查假捐獻真逃稅的情況，再問吳思華是否有失職，吳思華不這麼認為；黃國書再問是否有責任，這時吳思華才表示有責任，會針對個案儘快查核與修改制度。
