普悠瑪事故後，外界似乎才開始看到、也正視台鐵的體質、制度性等問題，政府在調查普悠瑪事故的原因的同時，也該對台鐵作全面體檢，投入資源、切割台鐵讓台鐵公司化，才能改變提升台鐵的體質、創造較佳的制度環境，台鐵才能浴火重生。
台鐵是一個公營單位，本質上就是容易出現一般公營單位的問題─彈性與效率低、冗員多、得過且過、法令束縛、政治干擾…..，而這些問題在不同時期，又會因環境變化而出現不同問題。
如早期台鐵是金飯碗時期，確實是冗員充斥；但在連年虧損、追求降低成本與虧損壓力下，現在較嚴重的問題反而是人員不足、難以吸引優秀新血加入；這由台鐵員工人數高峰時2.3萬人，數十年下來，運量從每年1億初頭人次增為2億人次，但員工數反而大降到1.4萬，列車剩下一名司機挑大樑，事故後才趕忙要增為2名司機，由此即可看出台鐵「減過頭」的問題。但台鐵現在景況則是：即使召募到新血，也缺乏留才誘因，離職率偏高。
因此要讓台鐵浴火重生，就必須先解決本質與體制的問題，第一步要作的應該就是先公司化─類似當年台灣的電信局透過所謂「電信三法」的修訂與訂定，讓電信局改制為中華電信公司，然後才有之後的釋股、民營化。台鐵未必能夠、或必須走到民營化這步，但公司化卻有其必要。
因為透過公司化的過程，可以把台鐵的過去、現在、與未來作一次釐清與切割；例如累積虧損，是否就該由政府承接，否則台鐵根本不可能公司化？擁有豐富資產的台鐵，散布在全省各地的場站土地也可一次作清理；台鐵虧損的主因在人事成本過高，其中的退撫支出是否就該切割出去，由政府負責？
以金融界的術語而言，類似金融機構逾放、負債過高難以存續時，把不良資產切割出去處理─即所謂把銀行分成「好銀行」、「壞銀行」；切割台鐵就是要把台鐵切割分為「好台鐵」與「壞台鐵」，讓「好台鐵」能重拾活力、成為有獲利、安全且能永續經營可能的公司，這種公司才有能力召募並留下足夠的新血與人才，公司經營才能上軌道並進入良性循環。
事實上，台鐵當然是一個「應該賺錢」的單位；早期獨占西部走廊中長程運輸的景況雖然不再，但與公路（兩條南北高速公路）、高鐵一起算是擁有寡占能力，旅客人次是成長而非衰退，甚至某些路線時常是一票難求；身為一家百年老店，台鐵各地資產其實非常豐厚，只是因公營單位束縛而難以發揮效益。甚至以目前台鐵的財務情況看，每年虧損25億元左右，坦白說，這個虧損數字並不致命，因為台鐵的需求長期存在甚至成長中，不會如某些虧損企業，其產品的需求是快速減少甚至消失。
至於由政府承擔「壞台鐵」的負擔與成本，或許有人會認為不宜、不妥、甚至不甘，但要讓台鐵重生，這幾乎是「必要之惡」。台鐵累計虧損約1100億元左右，這個數字還算可負擔；甚至相較包含中央特別預算與地方配合經費要花近兆元、在各地蓋軌道的前瞻計劃，花一、二千億元讓台鐵重生的必要性與效益，絕對百倍於前瞻計劃中的那些軌道建設。
而且，事實上政府不久前才作過類似的事，只是大部份民眾「無感」亦不了解。為了挽救高鐵財務問題，高鐵公司先減資由原股東承擔損失，再由泛政府資金注資增資300億，同時給予延長特許權，由原本的35年到70年─雖然大部份人因延長特許權不涉及資金支出，所以普遍「無感」，但只要從高鐵去年營收434億、稅後盈餘53億元，大致可看出這筆生意突然多35年可作，政府（其實也是全民）對高鐵的「支持」與付出有多少。
當時通過高鐵財務重整計劃，是基於高鐵對西部走廊運輸的重要性與不可替代性，其外部效益非常明確；台鐵情況其實相同，沒有台鐵的西部走廊，大眾運輸其實等於死路一條，台鐵同樣有不可替代性、外部效益明確的特點。現實的是：台灣不能沒有台鐵，但社會一定不放心、更不能接受一個連基本安全都讓人擔心的台鐵，下重本救台鐵，其實已是不得不然的路。 （相關報導： 台鐵還有救嗎？想推台鐵「公司化」，政府得先解決逾千億虧損 ｜ 更多文章 ）
30年前，當時虧損、負債累累的日本國鐵，就是透過切割為7家公司後民營化、政府吃下大筆負債的方式解決國鐵問題。台鐵公司化的計劃在15年前就提出，但因工會擔心公司化後就民營化而大力反對，結果延擱至今。這次普悠瑪事件後，政府應與工會加強溝通，儘快推動公司化與分割，讓「好台鐵」能早日浴火重生。
