相對地，〈容忍與自由〉雖然完全沒有提及陳懷琪事件，但陳啓天認為胡適該文是「用自責口吻為《自由中國》講話」。而金恆煒晚近的研究也指出，胡適該文引用康乃爾大學史學老師伯爾（Prof. George Lincoln Burr）的格言，卻「把宗教的寬容，挪用在政治的『容忍』上，目的是避禍」。
因此，雷震收到〈容忍與自由〉這篇文稿後，隨即將之刊載於三月十六日《自由中國》第二十卷第六期。而在《自由中國》該期社方〈給讀者的報告〉中，除了對胡適提供文章表達感激，也依胡適文意做了自我反省：
「我不會錯的」心理是一切不容忍的根苗。沒有容忍，就沒有自由。所以胡先生特別強調容忍之可貴。這一提示，固然給那般自以為是而迫害異己的權勢中人以教益，同時也是我們爭取自由的朋友們所應珍視的。
不過，胡適寫給《自由中國》的那封譴責信未被發表，他認為雷震和《自由中國》的回應仍然不夠。三月二十六日下午，胡適至自由中國社談了一個多小時，堅持要求將他寫的信刪改之後發表。三月二十七日胡適去見王雲五，請他協助《自由中國》排解因陳懷琪事件造成的困擾，應該也提及刊登他寫給《自由中國》那封信的重要性。
隔天二十八日，王雲五請雷震來談，再次傳達胡適要求發表這封信。雷震認為此事不好自行做主，先與胡適通電話，電話中胡適仍堅持刊登該信，雷震遂邀夏道平同去胡適處當面商量信件內容。
胡適之所以堅持信件要立即發表，是為有利於王雲五為雷震《自由中國》向當局講話，胡並再三勸雷震容忍：「個人榮辱事小，國家前途事大，要多多忍耐，不要把中華民國在聯合國的席次搞垮了！」夏道平回憶胡適當時的狀態：「胡適一向自稱是『不可救藥的樂觀主義者』。可是到了晚年，他卻再也樂觀不下去了。」
二十八日晚間雷震與胡適一起拜訪王雲五，胡適和王雲五兩人又力勸雷震發表該信，雷震終於答允。該信經胡適刪改，由雷震帶至工廠發排。不過，宋英對此信並不贊成，她告訴雷震「寧可坐牢，亦不應發表」。三十日雷震訪殷海光與戴杜衡說明此事，請求他們對發表該信的諒解。
歷經前述的轉折，《自由中國》先後刊出胡適的〈容忍與自由〉與〈給本社編輯委員會一封信〉兩篇文章，「構成一體兩面的作用」。陳懷琪事件就在《自由中國》刊登胡適那封〈給本社編輯委員會一封信〉，表示「我們應該檢討自己的編輯方法的是否完善」後，算是向國民黨政府妥協而暫告一段落，王雲五也寫信，請蔣中正不予追究。
王雲五是於二十九日下午致函總統府秘書長張群，信中「強調投鼠忌器之旨，請轉陳總統，宥其既往，勵其未來」。三十日王雲五列席軍事會議，張群及陳誠亦有出席。張群對於王雲五前一天的來信「甚表贊同」，便與王雲五同向陳誠「疏通」。
