行政院持續推動組織改造，並且與立委進行溝通。惟據了解，對於環境資源部的流域管理分工業務成為爭點，早先溝通的內部會議中，就曾有綠委表達對行政院的做法不滿，而在此次行政院所提出的水資源協調會報做法，更當場被黨內某重量級立委不滿地說，這種會議的做法，根本就是要看行政院長願不願意開。另有不少立委也對相關規劃，均有表達意見。
依照行政院目前尚未完成組改的相關部會來說，在10月27日時，行政院就有先與民進黨團進行初步研商，而在11月上旬，行政院也有再對相關內容進行修正，在上週五時，行政院也赴民進黨團說明，至少就數位發展部、環境資源部兩項重大變革進行討論。
數位發展部、環資部組改 綠委均有疑慮
惟據指出，相較環境資源部來說，民進黨團立委對數位發展部的意見相對較少，但認為行政院應該要有更完整的說明，不要都只是簡略化的口號。不過，相較數位發展部的情況，在上週五的內部會議中，黨團內部仍然對於環資部將主責的流域管理相關問題仍是砲聲隆隆，甚至到目前為止，仍未對行政院提出的方案滿意，尚待行政部門有進一步溝通。
有一知情人士分析，流域管理的業務比想像中複雜很多，甚至除了業務之外，牽涉很多政治角力、背後運作，所以不是像是外界看得那麼簡單，甚至也有傳出不少公務人員也期盼升格，畢竟整個員額、制度都會全部重新規劃，雖然有改變，但未必對現行的人不利。
強化國家競爭力 數位發展部將有5大業務
依照行政院目前的規劃，未來數位發展部將整合主管資安、資訊、網路、通訊和傳播等5大數位業務產業發展和管理，強化國家競爭力新重心。國家通訊傳播委員會（ＮＣＣ）的通訊和傳播監理以外的業務、主管的財團法人均將全數移入，NCC則改制為通訊傳播監理委員會，為獨立的二級機關，專責內容監理業務。國發會原有的政府資訊管理、個資保護業務，經濟部工業局內有資通訊服務相關科的業務及財團法人資策會，還有行政院資安處全數業務、交通部郵電司電信業務均將移入。
而在行政院資安處併入數位發展部後，也升格為資安署，同時為了要提升資訊通信的安全，預計未來也將成立行政法人資服中心、個資保護審議委員會等。據悉，經過數度溝通後，民進黨立委對於未來數位發展部的部分業務細節，仍有些意見，但整體來說，並沒有重大的反彈。
環資部將成立 主責國土、流域管理等業務
有一知情人士說明，未來環境資源部成立後，預計將會負責國土、大氣系統業務，並且會主管流域中下游的綜合治水與水資源管理，進而增強國家因應氣候變遷挑戰能力，提升國土環境永續還的環境韌性力，促成綠色經濟活動的國際接軌。 （相關報導： 台灣民意基金會民調》陳其邁成「最不受歡迎」六都市長，全台25%民眾不欣賞他 ｜ 更多文章 ）
針對相關業務的改變，該人士說明，未來改制後，內政部營建署的下水道業務、交通部中央氣象局、環保署的全數業務，另包括經濟部水利署、台水公司、中央地調所及農委會水保局的治山防洪業務，將會全數移入環資部，同時為了強化管理，原本歸在經濟部的業務，也將升級成行政院水資源協調會報。
