行政院長卓榮泰2026年3月7日身穿黑色飛行夾克、頭戴「TEAM TAIWAN」鴨舌帽，低調現身日本東京巨蛋球場，觀看世界棒球經典賽（WBC）台灣捷克大戰。孰料，本該是台日斷交超過半世紀以來，台日外交新突破的佳話，卻不斷出現台日關係掀波的風聲，甚至傳出2025年7月曾順利低調訪問日本的林佳龍，於2026年4月只能「灰頭土臉」地在東京機場過夜，睡了一宿再轉機出訪友邦。
7月22日，林佳龍於立法院外交及國防委員會答詢時澄清，由於要搭乘出訪太平洋友邦馬紹爾群島的包機，他前一晚深夜11時許飛抵東京，而包機隔天一早7時起飛，等於清晨5時就要到機場，因此決定就近投宿機場飯店，「都很舒適，這是很正常的事情。」林佳龍還說，台日關係不受單一事件影響，溝通都很順暢，也仍有許多交流合作。然而，據《風傳媒》掌握，台日關係有波折的相關傳聞並非空穴來風。
