台北市社子島開發的公投結果，以「生態社子島」獲得6成選票作為未來開發參考，不過當地居民質疑投票率只有35%，此結果根本不具代表意義，市府想強行開發的作法完全是黑箱。對此，台北市長柯文哲1日回應，哪有什麼黑箱作業，「在現在這個時代要是黑箱，一下就被踢爆出來了。」
柯文哲表示，使用i-Voting的方式決定社子島的未來，就是為了公開透明化，且北市府用身分證字號來做登錄，「哪有什麼黑箱？」
投票率低?柯文哲:和里長投票差不多
對於社子島共有14778名居民，最後只有5098人投票，投票率過低問題，柯文哲則表示，里長投票大概差不多就是這種投數，只是當初在算分母（投票人數）的時候，只要是在社子島有財產的都算（有財產未居住在當地），這種就有5千多人。
公投雖已結束，但居民仍有諸多質疑，根據《TVBS》報導，社子島福安里長謝文加表示「他現在投完票，北市府就把票匭收回去，加上網路投票也都沒公開。」實體投票開票不公開，里民們連帶懷疑網路投票也充斥問題，更有人認為生態社子島選項是引導式作答。
