攸關農田水利會改制的《農田水利會組織通則》修正草案，日前逕付二讀，引發部分水利會反彈，17個水利會中，少數未獲政府補助的瑠公水利會，26日在四大報刊登半版廣告，批評農委會強行推動水利會改制，「籲請政府懸崖勒馬」，瑠公水利會表示，該會之水利設施，自清代乾隆時期開鑿迄今，歷經政權輪替，「皆由農民自主管理圳路事務」，1963年《水利法》修正後，仍不改由會員農民組成之自治團體性質，農委會推動水利會改制為公務機關，將「嚴重剝奪會員集會結社自由與財產權」。
全台17個農田水利會，歷經台灣政經環境變化，部分位在都會區的水利會，例如七星、瑠公等水利會，隨著都市發展，部分水利用地改制為住商用地，已不再向農委會取得補助，對於農委會準備以提高全國水利設施灌溉面積為由，強制將水利會改制為政府機關，持高度反對態度。
「水利會財產為歷代會員出錢出力所累積而來，乃水利會之私有財產」
瑠公水利會今天在廣告中強調，外界以農田水利會每年享60億元補助，卻不受監督，作為水利會改制理由，實乃嚴重之誤解，目前各水利會財產處分均須農委會核准，每年收支均依相關規範編制預算書，農委會補助興建之水利工程招標時，均依政府採購法之程序辦理，「政府之監督如此嚴密，身為主管機關在面對外界對水利會的抹黑時，未主動澄清，是否有刻意誤導輿論之嫌？」
瑠公強調，水利會財產為歷代會員出錢出力所累積而來，乃水利會之私有財產，一旦改制收歸國有，將嚴重剝奪會員農民集會結社及財產權。
對於農委會未來將水利會納入公務機關後，準備擴大水利會灌溉範圍，瑠公也在聲明中批評農委會政策「淪為口號式的政令宣傳」，質疑農委會相關政策，完全未針對擴大灌溉區所需的財源需求、人員甄補、組織擴充、工程服務範圍有初步規劃。上述政策若無法落實，恐將影響現有會員灌溉權益。
「未來改制後人事制度改雙軌制，現有員工恐淪為次等員工」
瑠公強調，台灣農業與工業用水搶水嚴重，以目前水權係經濟部核發，未來改制政府機關後，難保政府不會以發展工業為由，犧牲農業用水。水利會中目前具公務人員聘用資格的員工僅佔極少數，未來改制後人事制度改雙軌制，現有員工恐淪為次等員工，尤其未來併入政府機關後，農委會方面還準備設置6個分署，和全世界「小政府」的潮流相違背。
瑠公表示，國府遷台後，該會曾經一度慘澹經營，1954年政府推動《平均地權條例》課徵地價稅，該會因為無法負荷巨額稅款，曾面臨法院查封財產、員工欠薪等困境，在歷屆會長努力下，「在未曾接受政府公務機關補助之情況下」，奠定今日經營基礎，並且成立4個基金會推動社會公益，絕非如部分人士所稱，把持豐厚資產恣意揮霍。
農委會：改制為政府機關後，預算審查強度與財務透明度會提高
針對瑠水利會登報反對改制，農委會官員強調，本次《農田水利會組織通則》修正草案，僅處理瑠公、七星以外15個農田水利會會長，任期延任2年4個月，至2020年，至於水利會後續的組織調整，是等到本次組織通則修正後，再由立法院討論《農田水利法》與《農業部組織條例》關於水利會組織改制規定。
官員表示，全國農田水利會全國聯合會，在2015年通過決議，呼籲政府推動立法，停止水利會理事長改選，讓水利會可以專心於農田灌溉會務，因此本次修法係回應水利會全國聯合會的主張。
況且，目前農田水利會預算，雖然由農委會審查，但未來改制為政府機關後，改由立法院審查，預算審查強度與財務透明度會提高，水利會改制為政府機關，也有助於農田灌溉的政務推動。
農委會：水利會資產不會有政府強占的問題
官員強調，水利會改制為政府機關後，各水利會目前下轄財團法人名下財產，仍然歸屬於財團法人，水利會資產不會有政府強占的問題。 （相關報導： 高思博觀點：假改革、真專制 ｜ 更多文章 ）
目前全台水利會員工有2000多人，具公務人員任用資格者僅90幾人，未來改制為公務機關後，人員到底該如何調整，將是一大難題，官員表示，未來水利會定位，農委會方面目前仍在研議當中，目前有3個可能選項，第一種是維持目前運作，水利會仍繼續存在，第二種是農委會成立農田水利署，吸納部分具公務人員資格之水利會員工，其餘員工則留在水利分署，第三種則是所有水利會員工，全部納入公務體系。
