我們從農田水利會的介紹可以知道，臺灣的「農田水利事業」，始於十七世紀，迄今約有三百餘年歷史。臺灣灌溉事業發展初期，由於政府資金不足，相關設施多由民間私人出資築埤開圳，水利視同私產，與土地一樣可以自由買賣。但因缺乏有效的管理，引起了許多用水糾紛，導致水資源無法有效的運用。為了提升管理品質，於是有農田水利組織的產生。
日本治台時期，推行埤圳公共化政策，將有關公共利害的水利設施賦予法人資格，稱為「公共埤圳」；後來，有官方出資興建的「官設埤圳」，其後，更頒布水利組合令，將「公共埤圳」與「官設埤圳」合併為「水利組合」，水利事業日益發達，其組織與管理規模也日益擴大與完備。
一開始農田水利會的會長制度是官派，直到2001年變成會員間直接民選，因此水利會就成了各黨派拉攏地方勢力的一級戰區，常常牽涉到糾葛與黑金，也是令人詬病的一個地方單位。
行政院提出將農田水利會改為公務機關，是目前最好的解決方式，因為農田水利會為公法人，有獨立的權力，不受機關監督，因此對於內部的資訊與資金運用都是不清不楚，沒有公開，無法檢視是否各地的水利會都能有效運用水資源來幫助農民，若改為公務機關，可以有以下幾個優點：
1.資訊公開、全民監督
農田水利會若改為公務機關，代表著會受到組織法的限制與規定，促使農田水利會的業務資訊透明公開、財務狀況更能受到監督，符合開放政府的原則。
2.有效利用農田水利資源
農田水利會從地方自治改為中央機關主管，可以整合台灣各地農業區內外農田水利事業發展規劃，更加有效利用水利資源，減少浪費，增加產能。
3.削減地方勢力
從國民黨政府時期，這一類的地方自治單位一直都是各地方勢力較勁的範圍，權力資源集中在會長以及組織幹部身上、造成資源分配不均的問題，不見得能夠因地制宜，提供農民需要的幫助，若農田水利會改制為公務機關，不只可以削減地方勢力，更能提供農民更適合的幫助。
4.原農田水利會的員工，升遷退休更有保障
改為公務機關後，人事制度會採公務人員與農田水利會人員分流雙軌制，讓員工可以更有保障，不會好的職缺都讓公務人員佔去。
5.水利會財產專款專用
農田水利會的每一筆支出，都會公開，每一筆屬於水利會的收入，都會以專款專用的方式來幫助農民，政府也會持續編列預算來投資農水路等設施，讓農業灌溉更順暢。
因此，農田水利會改為公務機關，對於整體農業用水環境來說，是利大於弊！唯有如此改革，才是對農民的一大福祉，才能更能有效的運用有限的水資源。 （相關報導： 吳敦義軍令狀「破功」綠提前一天議場卡位，力保農田水利會官派案順利付委 ｜ 更多文章 ）
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