行政院院會上周四通過《農田水利會組織通則》，遭到藍營質疑水利會會長改官派，將開「民主倒車」，農委會副主委陳吉仲今（15）日出面澄清，強調水利會改制為公法人，是在去年新政府上台後即持續推動政策，「不是為了明年選舉」，他強調，水利會長期在派系把持下，衍生不良選舉文化，導致全國68萬公頃可供糧食生產之農地，僅31公頃被納入水利會灌溉區，他強調，水利會改制公法人，將有助於台灣農業永續發展。
稱520後便開聽證會、討論員工銓敘問題 「絕不是倉促提出」
陳吉仲表示，水利會改制公法人，是蔡英文總統競選期間，民進黨所提出改革方案，新政府上台後，農委會也將水利會改制列為重大政策，去年520迄今，農委會除了召開相關聽證會外，針對水利會改制公法人後員工銓敘問題，也徵詢考試院銓敘部意見，「絕對不是倉促提出」。
陳吉仲質疑：水利會選舉造成內部裂痕加深、派系惡鬥
陳吉仲表示，回顧台灣農田水利歷史，水利會係從日據時代的水利組合演變而來，1991年國民黨執政，提出水利會改為公務機關，當時的理由是：因應社會變遷農業生產環境改變，水利會面臨經營困難，改制公務機關才能防杜弊端，「這句話，到目前為止仍然適用。」
陳表示，目前17家農田水利會當中，有幾家都會區水利會較有錢，但也有財務困窘、面臨破產的水利會，面對未來極端氣候挑展，台灣水利會必須推動政策改革。事實上，歷屆水利會會長改選勞民傷財，這對財源窘困的水利會來說是負擔沈重，因此，2015年農田水利會聯合會會員大會也曾建議政府，不要再推動選舉。
陳吉仲說，檢視水利會歷屆會長改選，選舉投票率偏低，過去4次投票率不到3成，各地水利會歷屆選舉，造成內部裂痕加深、派系惡鬥，「檢視各地水利會會員，會員當中是否真的都是農民？」
「全國可用農地68萬公頃，水利會僅能灌溉31萬公頃」
陳吉仲表示，提供灌溉用水是水利會最重要目，但根據農委會統計，目前全國可供糧食生產之農地尚有68萬公頃，但水利會灌溉區內，涵蓋農地面積僅31萬公頃，顯示水利會公權力不足，僅能提供54%農業生產所需用水，升格公法人後，可以服務更多農民。
陳吉仲說，台灣農田水利設施長期以來投資不足，農田水利設施受到很大破壞，透過水利會改制公法人，才能加速全台水圳設施漏水率的改善，提升農業用水使用效率。 （相關報導： 「水利會會長改官派打臉陳水扁」張麗善：未來政府會一併殲滅農會、漁會 ｜ 更多文章 ）
除了提升農業用水使用效率，陳吉仲強調，目前有6000多公頃農地，遭到重金屬污染，這是台灣長期農業與工業用水「灌排不分」導致的污染，水利會升格為公法人後，將可以加強工業與農業廢水污染查緝，灌溉用水品質將可以提升。
