立法院審查預算時所做的凍結案，其法源是《預算法》第52條第1項：「法定預算附加條件或期限者，從其所定。但該條件或期限為法律所不許者，不在此限。」因此，凍結案並非是將預算刪除特定的金額，而是當行政部門在動支遭凍結的額度前，必須符合預算在立法院三讀時一併通過的條件。
舉例來說，若2021年「潛艦國造─第二階段原型艦籌建」預算最後經立法院決議凍結10億元，則國防部在2021年還是有95億餘元的預算可自由動支；等這95億餘元即將支用完畢，必須動用剩餘的10億時，就必須依立法院決議時所定的條件向立法院申請動支。
換言之，凍結案的實際運作有點類似美國國會的撥款制度，即年度預算執行過程中，立法部門可審視全案的執行進度，再決定是否撥付剩餘的款項。這可以避免龐大的預算被行政部門便宜行事，應當被視為預算審查時的合理手段。
