長庚醫院急診部醫師集體請辭事件，暴露出醫療財團法人長期以來獲利導向，罔顧社會公益設立宗旨，醫療財團法人董事會長期以來由家族把持，固然是事件發生主因，然而，政府長期以來縱容醫療財團法人，享有免稅待遇，衛福部每年審查醫療財團法人「結餘經費使用計畫書」，淪為橡皮圖章，卻也間接導致財團法人醫院，成為財團小金庫，即便衛福部目前準備推動《醫療法》，強制規定醫療財團法人的非醫療收入，必須提撥各10%，作為教學研究與社會救濟2項用途，但相關規定，先前在立法院衛環委員會審查過程，也遭到擱置，醫療財團法人的改革前途多舛。
台灣醫療改革基金會副執行長朱顯光表示，醫療財團法人如果依原捐助單位分類，一共有3種類型，一種是「企業捐贈型」，長庚、亞東、國泰、新光是典型例子，第2種是「宗教型」，例如慈濟、馬偕、耕莘，第3種則是「一般型」，即是由傳統的綜合醫院改制，例如秀傳醫院等。長庚醫院最近爆發急診室醫師「被請辭」事件，暴露出財團法人醫院獲利導向問題，然而，長庚在企業捐贈型醫院裡面，並不算特例，長庚董事會會用的「招數」，其他具財團背景的醫院一樣也會。
「雲林長庚利用免稅不斷擴充，當地小醫院只好被迫關掉」
朱顯光表示，根據《醫療法》，政府當年推動醫療院所「財團法人化」，當初的目的原本是希望醫療院所能提供永續的社會公益醫療服務，不必然隨著捐助人過世而「政息人亡」，然而，財團法人醫院長期運作的結果，卻淪為家族掌握，就連一般民眾都誤以為醫療財團法人是「財團」的，相較國外很多教會捐助法人醫院，是蓋在偏遠地區服務弱勢，規模不必然很大，台灣的醫療財團法人，卻濫用免稅地位，把賺來的錢投入軍備競賽，不斷擴充規模，變成了「醫療酷斯拉」。
以雲林麥寮長庚醫院為例，當地小醫院最不滿的是，一般社團法人醫院要繳營所稅，長庚利用財團法人免稅優惠不斷擴充，進行不公平競爭，慢慢地小醫院只好被迫關掉，雲林麥寮長庚急診部醫師人力，想縮編就縮編，完全是獲利導向，社會公益理念蕩然無存。
《醫療法》修法後 須年提撥10%比率教研、社會救濟
有鑒於醫療財團法人過去30年，已淪為財團的小金庫，衛福部在上個立法院會期，將《醫療法》修正草案，送進衛環委員會，除了明訂醫療財團法人董事會，董監事不得有配偶或三等親內親屬關係，為避免醫院將股利所得等轉投資收入，花在醫療設備投資等軍備競賽，新法明定醫療法人之非醫療收入，也應提撥各10%比率，用在教學研究與社會救濟。
根據當時衛福部次長蔡森田說法，《醫療法》通過後，國內醫療法人強制提撥教研與社會救濟的家數，將從39家增加為47家，其中，長庚醫院在2015年的醫療收入為48.55億元，修法後長庚醫院的醫療與非醫療收入合計為80.51億元，提撥於教研與社會救濟的金額，預估從4.8億元，提高到8.05億元，「長庚醫院目前每年花在教研與社福的支出為31.06億元，已超過新法實施後規定」。 （相關報導： 財團法人醫院變「控股公司」 免稅連大法官都質疑 ｜ 更多文章 ）
不過，長庚醫療財團法人作為台塑集團的控股機構，每年的股利收入遠高於衛福部統計的80.51億元。根據長庚向衛福部申報資料，2016年長庚6個分院，醫療與非醫療收入合計達102億元。
