去（2025）年12月14日，中央研究院評議委員會投票選出三位院長候選人——票數依序為陳建仁、周美吟與朱敬一。元月2日，消息傳來，陳建仁雀屏中選，將於今年6月上任第十三任院長。他的出線並不出輿論的意料，因為早在2019年7月就有媒體報導，為配合翌年陳建仁卸任副總統，李遠哲有意安排陳繼任中研院院長。後來陳放棄副總統的「禮遇」，回中研院擔任高薪的特聘研究員，就已埋下了這一伏筆。
不可否認，陳為人謙和，在學界人脈深，中研院內部屬意他的人很多。然而他以75歲的高齡，是否能勝任這一職位？則是一項大家關切的議題。
我們先回顧一下四十多年來中研院歷任院長的任期。1983年，比前任院長錢思亮大一歲的吳大猷繼任院長，從76歲做到86歲，中研院當時乃蒙受「老人院」之譏。接下來，1994年就任的李遠哲、2006年就任的翁啟惠與2015年就任的廖俊智三位，剛巧都從58歲做起。且不論各人的學術背景與成績如何，他們三位上任時都正值英年，有體力貢獻身手，有精神接受新觀念。
陳建仁以老邁之年而主持「中華民國學術研究最高機關」，在世代交替與轉型、改革的鼎沸聲中，顯得格外諷刺。我們的學術界面臨青黃不接的斷層了嗎？中研院一定得要籠罩在李遠哲的陰影之下嗎？
且撇開這些觀感不談，以下探討有關中研院的幾個根本問題：
首先，關於監管體制。依照該院《組織法》，院長又兼任「評議會議長」。這好比政府的行政院長又兼立法與監察院長，又好比私立大學的董事長又兼校長，本質上是一個「球員兼裁判」的專制體制。這一體制又會直接影響到院長的遴選，因為現任院長可以操縱下一任院長遴選委員會的組成。也許就因為如此，李遠哲接連擔任了三任院長遴選委員會的召集人。
依該院《院長遴選辦法》，院長遴選委員會由評議會組成，選出至少四人，再依該院《組織法》第三條，由評議會「選舉候選人三人，呈請總統遴選並任命之。」[1]遴選辦法明訂，這兩階段的遴選都採取「排序」方式，這與一般學術機構遴選首長的機制大不相同。總的效果是，中研院院長及遴選委員會召集人對於次任的院長的產生，擁有極大的影響力。另一方面，由於總統對三位候選人擁有獨自裁奪權，不免造成院長產生過程的政治化。要改進，首先須使院長不可兼任評議會議長，其次應使總統組成一委員會來決定人選。
其次，關於隸屬。世界上只有專制國家的最高學術研究機關會直屬中央政府。但中國大陸的中國科學院及社會科學院隸屬於國務院（相當於我們的行政院），俄羅斯科學院隸屬於俄羅斯聯邦，北韓科學院隸屬於內閣；我們的中研院隸屬於總統府，則幾乎是世界上的孤例。當初或許想得美，以為隸屬於總統府會比較超然；現今看來，如此設計卻恰恰是使該研究機構擺脫不了政治的主因。 （相關報導： 風評：為什麼又是陳建仁？為什麼還是李遠哲？ ｜ 更多文章 ）
其三，關於院長的政治沾染。大家批評李遠哲使得中研院政治化，但李遠哲總還算是個學者。如今將繼任院長的陳建仁卻曾經擔任過副總統（2016年5月20日至2020年5月20日），於2022年2月25日加入民進黨（應時任總統的蔡英文之邀），2022-2023年擔任「小英之友會」的榮譽總會長，接著擔任行政院院長（2023年1月31日至2024年5月20日）。
