新竹前市長林智堅論文案，除了2008年中華大學碩士論文遭疑抄襲竹科研究案，2016年的台大國發所碩論也受質疑。7月6日已經有台大學生向學校檢舉；台大國發所7日晚間也發出聲明，台大將在2個月內做出審查結果。國民黨團17日上午再開記者會提出相關資料，質疑除了林智堅、余正煌論文相似度極高，同時也疑似抄襲指導教授、現任國安局長陳明通和研究助理楊喜慧在2014年的一份研究報告，到底是誰抄誰？還是陳明通拿自己的研究報告給林智堅「參考」，演變成整本剽竊成論文？藍委表示，國人等陳明通、林智堅、余正煌出面說清楚。
對照林智堅台大國發所論文，和同所學長余正煌的論文，黨團總召、立委曾銘宗表示，對照林、余2碩論，首先，林的「摘要」總字數有218字，雷同部分151字，比率達69.3%；二、「概念的界定操作性定義和測量」總字數734字，與余雷同667字；比率90.9%。林智堅有沒有抄襲余正煌碩士論文，這是事實問題，不是政治問題，請林智堅出來說清楚，不要迴避、模糊焦點。
嗆毀在職專班名聲 費鴻泰：陳明通指導「省時快速畢業」
立委費鴻泰表示，林智堅的台大國發所論文，除了被指控抄襲先畢業的學長余正煌論文，其基本架構還來自於陳明通跟研究助理楊喜慧，在2014年研究「台灣地方選舉柯文哲現象的外溢效果」研究報告發展而來。換言之，林、余論文的基本架構，就是來自於此。
費鴻泰指出，無論是碩士班還是在職專班學生，都可以參考這篇「台灣地方選舉柯文哲現象的外溢效果」研究報告，但是將其研究報告的全部精神都拿來使用，憑良心說，就是一種剽竊。
費鴻泰表示，陳明通指導過173位學生，學生幾乎都是「高官保證入學、提供論文題目、口試護航放水、省時快速畢業、出事擋過代拗」。陳明通指導過的高官，也包括了民進黨立法委員、縣市議員等等，陳明通必須出來跟國人說清楚，到底是林智堅抄襲余正煌？還是余正煌、林智堅抄襲你和楊喜慧在2014年的研究報告？算不算是抄襲、剽竊？
費鴻泰表示，過去自己在台北大學教書，也教過在職專班學生，都是社會菁英，請陳明通和林智堅不要毀掉台大的名聲，也不要因為你們的所做所為毀了在職專班名聲。費鴻泰表示，無論是哪個政黨、哪所學校，不要因為陳明通和林智堅而毀了大學校譽，國民黨團再次呼籲陳明通、林智堅和余正煌，勇敢地出來說清楚講明白。
曾銘宗籲台大學術倫理委員「回應各界對台大的期待」
曾銘宗也指出，依「台大學術倫理設置辦法」，倫理委員會置委員17至21人，由副校長1位、教務長、研發長、各學院教師代表1名及不少於3人之校外專家學者組成，副校長為主任委員，另據「台灣大學博、碩士論文違反學術倫理案件處理要點規定」在第3點規定，「本要點所稱違反學術倫理行為，指以下各款行為：（一）抄襲：指援用他人資料未註明出處。註明出處不當，情節重大者，以抄襲論。」林智堅國發所碩士論文有沒有抄襲？已經很清楚了。
曾表示，「台灣大學博、碩士論文違反學術倫理案件處理要點規定」第5點，「本校教務處為受理單位，教務處於接獲檢舉案件後，經教務長及教務處人員於4日內完成形式要件審查後，確認是否受理。因形式要件不符而不予受理者，以書面通知檢舉人後結案；對於受理之檢舉案件，移請被檢舉人所屬學院於10日內組成審定委員會，並於2個月內完成審定，其程序應以秘密方式為之。」第11點規定，「經審定確認博、碩士學位論文違反學術倫理情節重大者，應予撤銷學位…」 （相關報導： 「怎會讓大家知道去台大國發所買學位？」柯文哲曝癥結：陳明通才是真正問題 ｜ 更多文章 ）
曾稱，國民黨團呼籲台大學術倫理委員會委員，希望能夠聽到各界的聲音，客觀依法審慎審查林智堅論文抄襲案，回應各界對台大的期待，也維護台大學術倫理。
