自前年總統大選期間，就爭議不斷的蔡英文論文門，最近又成了熱點，不是因為終於「找到了」蔡英文總統的博士論文或正本證書，而是北檢起訴了從前年就咬定論文學歷為假的媒體人彭文正，這個也不稀奇，畢竟事涉國家元首的誠信與舉行聲譽，稀奇的是，這件案子的另外兩名被告林環牆與賀德芬教授都不起訴；但兩位教授顯然不領北檢的「情」，再次舉行記者會把追查蔡英文論文為假的過程再次話說從頭，並聲言「請檢察官再議」，另行起訴他們倆。
很難想像，司法爭訟會有人自請被起訴的，獨獨這個案子，三位博士學者（彭文正也曾任教於台大）從開始質疑蔡英文博士論文，並遭蔡英文提告後，就大剌剌請檢方「起訴我們」，理由無他，因為只有站上法庭，他們才有機會在法庭公開提出各項證據，並請求公平調查；也只有在法庭上，特別是倡言司法改革推動「國民法官」的民進黨蔡政府的法院，可以開放旁聽，甚至有機會爭取「試用」參審（雖然法官未必有膽子拿這個案子試驗），不像檢察官偵結前，事事皆可以「偵查不公開」，迴避說明；這也是為什麼賀德芬請檢察官再議並起訴她，而被起訴的彭文正會謝謝檢察官「幫忙」，給他一個公平調查的機會。
蔡英文論文門發生兩年多來，從各說各話各執一詞，到海外華人學者投入調查，或親訪英國倫敦大學，比對後來才提交存放於圖書館的論文，乃至與政經學院往來查證蔡英文的上課紀錄與口試委員，甚至彭文正被起訴之際，才剛從英國「調查」返台依程序隔離中，簡單講，不論這些學者提出的各項「證據」，從「補發」的畢業證書校長簽名不對、上課卡的時間不對、授予博士學位的機關不對（一九八四年政經學院還不能單獨發放學位證書）、論文注釋或內文前言後語不搭軋…，都沒辦法得到「一致的真相」，信者恆信，不信者始終不信，信者當然也包括不管蔡英文有沒有博士學位或論文，都不影響她高票當選總統事實，何況博士學歷本來就不是參選總統的要件。
但對學者則不同，「學術倫理」就是他們的品格認證，抄襲都不能容忍，何況造假或者欺騙；對於查證蔡英文論文會被告，他們同樣難以理解，因為這不折不扣屬於「學術自由」範疇，在政客的道德禁忌中沒有「說謊」這一條，學者則不然；賀德芬痛駡蔡英文論文門是「三十七年的詐騙案」，自有其理智與感情的道理。
對蔡英文而言，論文門讓她進退兩難，她選擇提告以捍衛聲譽，也可藉司法告訴表示態度，當然，也讓眾聲喧嘩的媒體因此噤聲；不過，蔡英文疏忽了學者對學術倫理的堅持，「寒蟬效應」對媒體巨對學者微；北檢起訴彭而放過林、賀，同樣犯了重學者而輕媒體的毛病，比方起訴書竟指彭文正是為了搏節目的點擊與收視，偏偏他們起訴的彭文正，不僅僅是曾經節目因政治因素被停掉的媒體人，還是貨真價實的博士，也曾最高學府台大的專任教授，在他身上「學者的執拗」不會比林、賀更少。
北檢偵結起訴彭文正，沒能拆解蔡英文論文門的引信，相反的，引出更多非議，第一，蔡英文提告四百多天沒有動靜，開始偵查後甚至沒有傳喚林、賀，當然，告訴當事人蔡英文不會也不必到庭，這屬於檢查官辦案的一般程序，這也正是司法為人詬病之處，為什麼有權有勢的提告者，可以「居高臨下」俯視被告？第二，北檢認為林、賀盡查證義務，無真實惡意，所以不起訴，彭則有私怨及搏收視，所以起訴，三位學者在論文門上幾乎一起行動，有沒有頻道節目豈能做為真實惡意的準據，若照這個起邏輯，但凡有頻道、媒體者豈不人人自危？第三，北檢偵結起訴後，起訴書未能同步掛上官網，甚至連新聞稿都沒有，這也是北檢處理一般案件的慣性，司法記者寫寫就算了，哪裡能算？當各方質疑北檢起訴理由荒謬的時候，甚至沒有一份官方文書或新聞稿自證公平公正，想幫北檢辯護都不知從何下手。 （相關報導： 李震華觀點：一場世紀精彩的司法實務論戰─「論文門」高院辯論庭攻防紀實 ｜ 更多文章 ）
北檢對三位學者被告的差別對待，是敗筆之一；沒有完整新聞稿說明，是敗筆之二；另外起訴彭文正「意圖使他人不當選」，更是滑天下之大稽的敗筆之三，蔡英文創下歷史新高的八百一十七萬總統得票數，難道是幻象嗎？司法追究他人「意圖」同時，難道不該審視結果嗎？最後，留下一個尾巴給法院，當然是敗筆之四，蔡英文本人大概都無言以對；北檢起訴都拖了兩年多，法院當然可以比照辦理，再拖個二年多三年，蔡英文也就卸任了，想像一下，卸任的蔡英文前腳被總統府公告依法（國家機密保護法）「境管」，後腳要為自己的論文真偽上法庭，會是什麼場景？檢察官起訴彭文正，十足坑了蔡英文。
