醫療財團法人淪為企業控股機構，讓國內醫療改革團體不斷呼籲修改《醫療法》等相關規定，因此，在財政部稅改方案，廢除「股利淨額不計入所得額課稅」規定後，醫界對於這項改革也寄予厚望，醫改會副執行長朱顯光表示，醫療財團法人創設的目的，不是作為企業集團財務控股投資用途，也不是將外界籌募善款，進行不當投資，《所得稅法》修法將有助於醫療基金，回歸到創設宗旨用途。前台大醫院副院長王明鉅則表示，股利等非醫療收入課稅，恐有違背信賴保護原則問題。
王明鉅在臉書上表示，國內前三大醫療財團法人長庚、慈濟、亞東，除了長庚醫院之外，其他的醫療財團法人，就算有創辦者或其他人捐贈股票，股利收入佔整體醫療與非醫療收入也算少數，多數財團捐助醫療財團法人，是靠著醫療本業每年賺一些錢，逐漸增加規模，經過20、30年的努力經營，才能讓基金茁壯成長。因此，他反對立法委員主張，讓股利等非醫療收入課稅的建議。
「股利等非醫療收入課稅，違背信賴保護原則」
王明鉅認為，股利等非醫療收入課稅，可能有違背信賴保護原則問題，畢竟，財團在捐贈之初，如果知道所有的非醫療收入要課稅的話，不可能捐這麼多股票來成立基金會。過去種種，在當時的法令與時背景之下，尊重原先的公益性，也不宜破壞過去的信賴保護基礎。況且，很多財團法人醫院的孳息收入，係來自於外界捐助，如果所有的非醫療收入，只要有盈餘都要課稅的話，對這些醫院並不公平。
王明鉅表示，課稅本身不是目的，如果被課的稅，要拿去做許多「不前瞻建設」，例如那棟食藥署念茲在茲的50億大樓，例如為了少子化要去買育兒百寶箱的6億元。那他寧願這些錢還是留在長庚醫院的基金裏面。「長庚醫療財團法人的經營管理能力，絕對比衛福部的這些計畫執行者好太多了。」
股利收入新去處 投入薪資改善、醫藥研發
但為了避免醫療財團法人淪為財團控股中心，讓股利收入沒有用在改善醫療工作環境，王明鉅建議，醫療財團法人之非醫療業務收入，用於醫療財團法人附屬醫療機構之醫療設施設備更新、員工福利薪資改善、醫療公益支出或醫藥生技相關研發支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70%，低於70%的門檻，就得課徵營所稅。 （相關報導： 公益團體避稅還有這一招 財團法人恐「無限增生」 ｜ 更多文章 ）
王明鉅表示，醫療財團法人股利收入，若能有更多錢投入生物醫學領域的研究開發，也可以為財團本身帶來其他收益。長庚醫療財團法人資產超過3000億，如果賺的這些錢投入該用的各個領域中，台灣生技醫藥研究，在未來幾10年都能有源源不斷的資源注入，「誰說台灣生技醫藥產業的未來，不是得看這次稅改是不是成功呢？」
