復旦大學附屬華山醫院感染科主任張文宏指出：「這波疫情，我們還不能認為是第二波的來臨。」所謂第二波，一定要形成非常顯著的波峰，有一段時間的蔓延再下來。「這次北京疫情應是一次較突然的、小範圍的爆發，但爆發力度目前仍在可控範圍內。」
在中國大陸全面復工復產、生活節奏逐步恢復正常之際，讓人意外的是，連續五十六天零新增病例的首都北京，疫情竟突然反彈，自六月十一日新增一例本地確診病例開始，截至二十一日，確診患上新冠肺炎的病例已達二二七例。北京不但迅速成為全國的疫情焦點，也讓更多人感受到這場瘟疫之戰還沒結束。
還給鮭魚一個清白
六月十一日，北京市西城區副區長通報西城區新增一例「近兩周無出京史、無外來人員密切接觸史」的本地病例。五十二歲的唐姓「西城大爺」，回憶了自己的行動軌跡：他六月三日曾去「新發地批發市場」，為防疫工作鎖定新發地市場提供關鍵信息。但在該病例爆出之初，網路上卻出現不少指其是瞞報出京行蹤才染上病毒的不實傳聞。唐大爺明明是受害者，卻招來大量謾罵。
但很快的，他成為防疫功臣，因為他完整回憶出五月三十一日至發病前去過的所有地方，並無一遺漏地回憶出所接觸的三十八個人，為接下來的流行病學疫調帶來有效線索。北京市疾控中心在排查病例行動軌跡後發現，多個病例均有新發地市場活動史。
兩天之後，北京新增確診病例達到三十六例，新發地市場所在的豐台區花鄉地區升級為全國唯一的高風險地區。
整個北京的防疫氛圍迅速進入「非常時期」，新發地市場休市，新發地董事長受訪時表示：「相關部門從切割進口鮭魚的案板中檢測到了新冠病毒。」更一度讓北京主要超市連夜下架鮭魚。鮭魚帶毒之說經輿論發酵後，致使人心惶惶。
不過，在北京市、區疾病防控中心開始調查後，發現多個海鮮水產市場的鮭魚核酸結果都為陰性，隨即全國多地檢測後，也證明鮭魚是清白的。
新發地市場發生群聚感染後，國家衛健委認為北京疫情防控形勢十分嚴峻，存在不確定性。六月十三日至十七日，北京市對出現疫情的三十六萬五千名市場人員進行了核酸檢測，地壇醫院也重回「戰時狀態」，十八家市屬醫院緊急組織抽調了上百名醫務人員，前往地壇醫院支援救治工作。
還不能認為是第二波的來臨
十六日深夜，北京市應急響應級別由三級升到二級，所有與新發地市場有密切接觸和關聯的人員都要進行全面排查、核酸檢測和居家觀察，相關小區則實行嚴格封閉式管理。
二級防控下，中小學停止到校上課，餐飲企業暫停舉辦酒席等群體性聚餐活動，體育賽事暫停，所有出京人員必須持有七日內的核酸檢測陰性結果。進出北京的所有省際客運班線全部停運，端午期間涉及北京地區的鐵路、航空客運小高峰將不會出現。
