2016年意外偵查出前中研院院長翁啟惠涉嫌與浩鼎公司約定，以中研院研究技術交換1500張浩鼎股票，檢方9日依期約賄賂、收賄罪起訴。中研院院士李遠哲11日受訪時也對此表示感到很難過，並認為台灣現行《科技法》有許多需要改正檢討的地方。
浩鼎去年2月爆發內線交易疑雲，士林地檢署也於9日以貪汙治罪條例起訴翁啟惠。面對前中研院院長翁啟惠涉「浩鼎案」貪汙遭起訴，李遠哲11日前往台中國立自然科學博物館參加特展開幕，在受訪時表示他很難過，並認為這是一件非常不好的事。李遠哲也表示，自己對於科學的進步、轉移過程還沒有很了解，但此事勢必對學界及中研院造成不良的影響。但是提到是否辭去翁啟惠特聘研究員的職務，李遠哲說交給新院長決定。
而台灣現行的《科技法》是否有漏洞需要修正？李遠哲認為，在台灣，生技公司沒有產品股票就可以上架是有問題的，雖然在美國可以如此，但美國的股價相較於台灣穩定，沒有很多操作的空間，而台灣很多生技公司卻是「把希望賣給大家」，吸引許多人投資，但卻不是因為這個公司已經有產品對人類貢獻，因此需要好好檢討。
李遠哲最後也強調，在股票操作中得到利益，而不是因為經過科學的貢獻及照顧人類利益而獲得，就是不應該的。若有一天，因為中央研究院的研究，研發出一些藥品，而獲得很多錢，他會感到很光榮。
