驚聞翁啓惠被依貪污罪起訴，翁啓惠在第一時間聲明全文如下：
「對於士林地檢署於今日發布新聞稿並起訴本人於擔任中央研究院院長期間與張念慈期約收受賄賂及收受賄賂罪，本人對士林地檢署穿鑿附會，濫行起訴，深感震驚與憤慨。特此澄清如下：
1. 士林地檢署新聞稿指稱本人同意張念慈以浩鼎公司1,500張技術股為對價，作為取得中研院關於醣分子研發成果的交換條件。惟本人從未與張念慈討論所謂1,500張技術股問題，更從未同意收受浩鼎公司1,500張技術股。士林地檢署新聞稿所指摘的內容，純屬虛妄。
2. 士林地檢署新聞稿另指稱本人收受張念慈行賄3,000張浩鼎公司股票，並利用中研院院長身分協助浩鼎公司生產醣分子及取得酵素合成法專屬授權云云，更屬無稽。本人基於浩鼎公司的母公司創辦人身分，本來即有認購浩鼎公司發行股票的資格。本人女兒所取得的3,000張浩鼎公司股票，是本人用自有資金全額給付取得，與本人擔任中研院院長職務無關。士林地檢署竟完全忽視本人針對取得3,000張浩鼎公司股票的原因及就資金來源所提出的詳細證據及說明，草率提起公訴。
本人感謝偵查期間關心本案之眾多友人，本人絕對沒有敗壞官箴或損及人民對公務員職務公正性之信賴，對於地檢署疏於查證，濫行起訴，本人深感悲哀。本人回台，一心貢獻家鄉，不料受此屈辱，嚴重斲傷本人學術聲譽，本人不會辜負國人期待，將在司法程序，全力捍衛自己的清白。」
2016 年2-3月間爆發之浩鼎事件起因於特定名嘴、媒體及國會議員爆料，趁翁院長不在國內期間以未經求證的訊息和極端負面的報導，形成排山倒海的輿論公審，讓他本人毫無還手的餘地，緃有聲援的聲音也無法被媒體接受。緊接著而來的是檢調系統的啓動，並發佈新聞稿對一位國際知名的中央研究院院長的辦公室及住處進行搜索，加上一日兩變的偵辦罪名，即使在檢調偵查過程中也不時有不知來自何方的訊息讓媒體繼續捕風捉影，醜化他的人格。甚至在去年12月31日,還有媒體報導立法院三讀通過生技條例修正案的「翁啟惠條款」， 仔細了解也非事實, 而是在初審時有立委提議增加研究機構技轉所取得技術股要經嚴格審查並報中央備查，但在二讀時沒通過這提議,因科技基本法已有規範，所以三讀時只通過行政院所提版本，擴大生技條例適用範圍。而翁啟惠以前也多次聲明從未拿過技術股，何來「翁啟惠條款」？這些以不實報導，羅織罪名、未審先判、入人於罪及違反偵查不公開的行為令人痛心。這是何等恐怖的環境，台灣是一個有自由，但無法治的國家嗎？ （相關報導： 石之瑜專文：翁啟惠絕非最糟的院長 ｜ 更多文章 ）
整個事件的引爆點在翁院長對浩鼎解盲後的發言，但回過頭來看，他的發言不但是被動回應媒體記者的包圍追問，以負責任的科學家態度回應，所提內容後來也證明皆爲事實，與浩鼎公司新聞稿和在ASCO發表的內容一致。全世界很多媒體都正面報導此解盲結果，只有一家台灣媒體率先在2015年2月21日14:04以「失敗」報導（浩鼎之記者會在14:00才開始）。報導之後，緊接著即蜂擁而來的對翁院長撻伐，説他企圖護盤、操弄股市、內線交易、賤賣技術、貪污，甚至女兒的持股資金來源是第三者的贈與...等等。儘管他多次發言強調絕無這些指控的事實，但仍無法改變形勢，檢調系統也跟著大動作搜索、調查。
