促轉會自從「東廠事件」爆發，正副主委請辭後至今仍都懸缺。形成一個人事上的不穩定狀態，立法院司法及法制委員會10日審促轉會預算時，國民黨立法院黨團強力杯葛議事，不僅欲直接抽走代理主委楊翠座椅，更將官員列席桌翻倒，要求在促轉會全面改組前不得審查預算，並提出散會動議，最後會議僅進行約10多分鐘，主席就宣布散會。
此外前主委黃煌雄同日也發文表示，促轉會要浴火重生勢必要有堅定意志、決心以及付出代價的準備。當務之急就是找出具社會公信力的新主委，並賦予全權及時間組成新團隊，提出經得起現實政治及歷史長河檢驗的總結報告。
而在新團隊人選方面，黃煌雄建議，要以現行團隊成員同質性比重太高為戒，兼顧功能性和代表性，不宜偏頗，守住最基本的行政倫理。
前主委黃煌雄這番讜論，對於現在團隊成員同質性比重太高引以為憂，這應該是綠營以外的全民共識。而促轉會的相關組織法規當中，因並未明文規定正副主委出缺時，代理主委如何產生，因此由行政院比照NCC等獨立機關，從委員之中指定代理主委。在法制上這樣做確實可能有法源依據為何的爭議，藍營的抗爭確實並非無的放矢。
更嚴重的問題在於促轉會在兩波撤銷不當的白恐相關判決時，其權力已經超過司法機關，事實也在對國民黨實施某種形式意義上的審判。就如同日前飽受攻擊的代主委楊翠，在東廠事件發生後所曾指責國民黨那樣，她滿懷情緒地把國民黨說成是滿手血腥的魔鬼。所以按照以牙還牙的邏輯，國民黨當然現在在政治情勢有所轉變後，要給予楊翠迎頭痛擊，把稍早丟掉的場子給找回來。
現在促轉會的體制，如果把其實把中國國民黨當成歷史審判台上被告的話，這個審判台前顯然缺少國民黨一方的辯護人。即使是罪大惡極鐵證如山者如鄭捷，受審時也應該有辯護人為他辯護，這種ABC程度的法治原理，現在完全是被踐踏的。而成員反國民黨同質性極高的促轉會，自己又身兼這個政治言論平台上的法官兼檢察官，採取的是現代文明法治早已不採的糾問制。被告如何心服？
作為唯一被告的國民黨，審判台前沒有辯護人，僅由一方圍毆被告的糾問制，缺失極其明顯。這就表示促轉會有極大權力，可以一面倒地整治作為被告的國民黨，張天欽9月的失言就來自這種不受抗衡節制的權力濫用。另一面促轉會所支持的家屬單方發言，也在輿論上形成一種局部偏向受害者後人的發言，無以矯正。
例如在本月9日促轉會在景美人權園區，舉辦的第二波撤銷刑事有罪不當判決儀式上，犧牲者家屬藍明谷的女兒藍芸若，就堅稱藍明谷戰後之所以加入中共，是因為他「看到國民黨殘暴的屠殺無辜百姓，因而投向共產黨，希望共產黨來拯救台灣」。 （相關報導： 黃煌雄專文：一份獻禮─促轉會浴火重生的路徑導引 ｜ 更多文章 ）
可是在作家藍博洲的大作《消失在歷史迷霧中的作家身影》所描述的情況，完全與藍芸若說法不符。藍明谷與中共接觸的時間地點，該書則明確地揭示了是在1946年的上海。藍明谷當時就已經與當地中共地下黨組織一致行動，成為一名中共的重度同情者。倘若藍明谷與中共接觸經過實情如此，這與228屠殺有何關聯？藍芸若的說法把父親投共與國府屠殺兩件事在時間上發生的順序完全顛倒了，以後這些撤銷不當判決做出的史實定性，誰還敢相信？
