黃煌雄還是轉身離開了！「從承擔到放下」─黃煌雄寫下一紙請辭聲明，距離他就任促轉會主委僅僅四個月又五天。
在這段極短的時間中，黃煌雄有兩個月看不到公文、發不出薪水，才「步上正軌」不多久，就發生「東廠事件」，副主委張天欽請辭，而參與張天欽一起參與「東廠打侯非正式會議」的一眾人等，除吹哨者吳佩蓉第一時間與張天欽同辭之外，經促轉會調查後也辭職或歸建，形同整組解編，但是，風暴並未止歇，除了行政院允諾調查之外，立法院也組成調閱小組，黃煌雄同意國民黨立委調閱資料，卻又與會內委員意見不合，面對現實可以這麼說，黃煌雄從年初被提名、年中就任、到如今得願請辭，一直就在內外交相迫的窘境，而把他逼入絕境的不是別人，正是提名他的蔡英文總統。
提醒民進黨，東廠事件與「黨外精神」並不相容
黃煌雄在請辭聲明中，除了摘述他一生從政曾經推動「超越政黨輪替」的重大案例之外，有兩個重點：
第一，他引述蔡英文說動他「承擔」的關鍵用語：「我是民選總統，我代表社會民意，要求你承擔社會責任」，但沒明講「社會責任」到底是什麼責任？這是他對蔡英文的尊重和示警，因為蔡英文一再強調「轉型正義的重點在和解，不在鬥爭。」很遺憾的，蔡英文的「宣示」在之前與之後的發展都證實，只是場面話一句，對於「真相、責任、公義、和解」的認知，從內涵到方法論，顯然與黃煌雄的初心相距甚遠。
第二，也是最重要的，他重申「東廠事件」（九一二事件），事前他一無所知，而事件所呈現的心態和觀點，與他三十多年來所堅持的「黨外精神」並不相容！
黃煌雄做為「黨外前輩」，身為後輩的蔡英文再不理解他，於提名前也該做好功課，既要請他承擔重任，又何以提名一眾與他理念基本不合的委員，甚至調動新聘的人員，亦多與他理念相左？以至於身為蔡英文最親信的夫妻檔之一的張天欽，膽敢屢屢（至少兩次）召開「非正式會議」，而張天欽之外的其他各組，情況大抵不會好太多，否則豈會淪落到看不到公文的地步？
黃煌雄早在近四十年前的黨外雜誌中就表述過他的主張：「國民黨由支配者走向競爭者，黨外由批評者走向競爭者；也就是國民黨與黨外分別由兩端走向健全化之路時，真正的民主憲政才能在臺灣得到正常的發展」，他認為「既微弱且淒涼的黨外，又只能在國民黨所特許的時間（選舉），才有機會公開向民眾講話」，揆諸爾後民進黨的「選舉路線」，在後來的三十年內，一路披荊斬棘，兩次中央執政迄今全面執政，有什麼錯呢？ （相關報導： 風評：「東廠」私刑「神捕」，這就是蔡英文的轉型正義？ ｜ 更多文章 ）
錯亂歷史與現實，連學術討論會都不被見容
促轉會一面倒地主張「除垢式正義」，無視台灣民主三十年的發展，已經走到黃煌雄當年所述，曾經的支配者國民黨已經隨時會輸的競爭者，而黃煌雄筆下「微弱且淒涼」的「黨外」，也從批評者成為隨時會贏的競爭者，而這一切改變還搭配著法律制度的框架，促轉會錯亂歷史與現實，才會發生帶頭查抄國民黨智庫的荒唐舉動，混然不覺國民黨已經是依人團法合法登記的政黨，而他們查的樓甚至是民主化之後才購置的資產；當然，他們是不會多看一眼黃煌雄早在二００一年就完成的「國民黨產調查報告」；他們不肯承認國民黨的「民主化」、「合法化」，很大部份是在前總統李登輝手中完成。台灣的轉型正義早在李登輝時期就開始，即使做得不夠決絕，那也有賴民進黨的支持。
