「九合一大選」結果重創民進黨政府，其中，民進黨創黨以來堅持的「非核家園」理念，在本次「以核養綠」公投過關後，也將面臨檢討的命運，儘管行政院發言人Kolas Yotaka表示，「2025非核家園目標不變」，引發公投發起人、台大醫師王明鉅的批評，行政院長賴清德今（26）日在選後第一個上班日放低身段，強調《電業法》第95條之一，依據《公投法》由中選會宣告廢止後，行政院將會把廢止的條文，另外訂定新法，送立法院審議，「後續的能源政策，必須與立法院討論才能決定。」
「九合一大選」國民黨提案的反空汙、反深澳公投，護家聯盟提案的反同婚公投，以及黃士修提案的「以核養綠」公投跨過《公投法》門檻，由於上述公投提案，衝擊到民進黨政府「2025非核家園」政策，也影響到明年6月以前，行政院因應大法官第747號釋憲的同性伴侶合法化的立法工作。儘管行政院發言人Kolas選後針對「以核養綠」公投，表達「2025非核家園」目標並不受影響，但隨即遭到「以核養綠」共同提案人的大肆抨擊。
針對本次公投結果所涉及的能源結構調整問題，賴清德表示，行政院將秉持3原則處理本次公投結果，第一，尊重公投結果，第二，每一項涉及立法與行政的提案，行政院會與國會執政黨團充分討論，「一定要依據《公投法》第30條規定，完成後續法制工作。」
「我是民主萬歲的人」賴：有結果未嘗不是好事
賴揆表示，「我是民主萬歲的人」，過去針對上述爭議，朝野各執一詞，讓施政因此停滯，「今天有公投結果，未嘗不是好事！」
對於「以核養綠」公投結果是否與行政院「2025非核家園」抵觸？賴清德表示，「行政院的立場，就是尊重公投結果，也會依據《公投法》執行後續工作，但牽涉行政立法部分，會與立法共同討論，一定會按照《公投法》所規定時程提出修法版本。
賴清德承諾依公投法儘速完成
賴揆表示，本次公投涉及到人民創制權部分，根據《公投法》行政院必須於3個月內提出因應法案，立法院必須在下個會期以前完成立法，至於不涉及立法的政策調整部分，雖然沒有明定完成時程，但行政院也一定會儘速完成。
其中，「以核養綠」公投，該案係人民複決案，中選會公告公投結果後3天，《電業法》相關條文就會正式失效，行政院會把廢止條文，另訂新法送立法院審議，後續能源政策必須與立法院討論。
賴清德：政院不宜對每個公投結果表達立場
日本媒體詢問，國民黨提案的「禁止日本核災區食品進口」公投通過，是否將影響台日關係，賴清德表示，對於公投結果，行政院將與與立法院共同討論因應作為，行政院不宜對每一個公投案結果表達立場。 （相關報導： 以核養綠過關》行政院稱2025非核家園目標不變 王明鉅：原來公投一切全是假的！ ｜ 更多文章 ）
行政院發言人Kolas表示，針對本次公投結果，行政院會與經濟部共同研究，研議後續的調整作為。
