年底九合一大選綁10個公投案，開票事務之繁雜，外界預估本次選舉將會是「最混亂的一次」，如今傳出全台選務人員出現至少5萬名人力缺，其中以桃園、新北缺額達1萬多人最高。中選會副主委陳朝建說，已規劃20多萬名選務人力，投入選舉和公投選務工作，現今持續招募中，藉增加補休方案、適度提高選務工作費用，辦好選務。
陳朝建今（24）日表示，雖各地選委會皆回報有人力不足情形，但中選會有信心克服難題，目前10個公投案已依法由戶政機關查對中，當查對完畢後，中選會將在10月2日、10月16日進行2次的委員會議，最快10月可依法確定。
預算部分，陳朝建說，公投與選舉都是法定事項，年底九合一選舉經費依法是由直轄市與縣市縣府編列，全國性公投案來自中央政府預算支出，中選會將依法定程序辦理，向行政院申請第二預備金。
選舉、公投的開票作業，陳朝建指出，將依序「選舉領投、公投領投」的模式，選舉票先開完後，再開公投票，而全國開票所目前為1萬5886所，公投的開票作業，規劃採3案或4案1票匭的方式。 （相關報導： 公投與大選脫鉤？中彰投苗4縣市達共識 ｜ 更多文章 ）
本次選舉公投案投票年齡下修至18歲，預計將產生60萬的首投族選票。目前10大公投案包含：1.婚姻定義、2.非婚姻保障、3.同志婚姻平權、4.以核養綠、5.東奧正名、6.適齡性平、7.教育性平教育、8.反空汙、9.反深澳電廠、10.反核食。
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