太魯閣號事故18天後，交通部長林佳龍請辭、次長王國材接任，衛福部日前也公布善款運用方式，民眾黨立委邱臣遠、張其祿20日召開記者會表示，直指「不是交通部長換人、善款發完就沒事」，政府應負起災後社會重建的工作，盡速提出台鐵組織改革方案。邱表示，政府須協助罹難者家屬心靈重建、救災人員創傷壓力，以及整個社會對於事故的反省。
張其祿也提到，政府「大撒幣」進行台鐵站點的外觀設計，但鐵道安全系統卻還在用十幾年前的技術，交通部長換人當，但鐵路交通安全問題仍亟待改善。
邱臣遠指出，台鐵除了內部改革問題外，外部問題就是前瞻計畫的鐵道立體化計畫，當時編列了高達3000億的預算，完工後反而降低了台鐵的行車速度與容量，整體的營運成本也大幅增加2至3倍，該計畫還有高達3516億元尚未發包，執行後可能也會面臨相同問題。
他認為，應立刻盤點所有鐵路立體化計畫，將無用且高價的預算，優先分配給更重要的鐵道安全系統；先前承諾將再投資的1200億，是分配在那些是哪些基礎建設、是否包含道路安全設施和施工安全補強，這些都要說清楚。
張其祿表示，過去20年來，台鐵幾乎每年都發生事故意外，早在民國80年代，就有台鐵組織改革的聲浪，直到普悠瑪事件的檢討報告，結論始終都是「組織改造」，但無論是內部改革或是公司化、民營化，車路分離的原則是一定要貫徹的。
張直指，首先要盤點台鐵的資產情況，針對尚未核可和發包的工程，更應盤點公安及工安效率。此外，過去政府提到台鐵組織改革，總以「組織文化改造」為結論，但根本問題，其實是在管理上應具有科學化維運意識及導入經營效率，要求行政院盡速成立改革小組，限期討論出具體可行的組織改革方案。
張提到，去年立法院預算中心的研究報告就明顯指出，身為鐵路工程主管機關的鐵道局，直到現在仍無國家級的鐵道安全計畫。報告舉例，聯合國推動「道路安全行動十年（2011-2020年）全球計畫，透過「道路安全管理」、「強化道路和交通安全」、「改進車輛安全」、「增進用路者安全」及「完整事故後處置」等5項作為，建立推升道路安全基礎，「鐵道局應擔起責任，加強監管能力，切勿閃躲！」
