二○一○年一月ECFA第一次正式協商在北京舉行，在那之前，兩岸已交鋒多次，稱做「工作階層的協商」，不對外公開。
工作階層協商期間，對於ECFA的走向，中國大陸國台辦與商務部之間頗有爭執，台灣方面亦然，陸委會力主不能衝擊台灣傳產與農民，經濟部轄下單位則傾向大幅度地自由開放。
藉定調機會，賴幸媛警告經貿部門
協商初期，國台辦與陸委會一度沒盯好，兩岸的經貿單位越談越深入，按照國際間自由貿易協定的規格談下去了，差點將ECFA談成一個高度開放的自由貿易協定，中國大陸並要求在ECFA裡放入「正常化」的字眼與概念。
當時民進黨立委們也要求ECFA必須是個「正常化」的國際協定，他們以為經貿協議的正常化，將讓台灣往正常國家邁了一步。殊不知所謂經貿正常化，指的是全面開放市場，民進黨分不清左右，他們大聲疾呼的主張會讓絕大多數的中國大陸產品零關稅地傾銷到台灣。
ECFA協商初期，我方的經貿部門似乎被中國大陸的商務部牽著走，時任陸委會主委賴幸媛努力阻止。
當時我剛到陸委會工作，賴幸媛指示三點原則要我擬成文章公開發表：ECFA不是催命符也不是萬靈丹；絕對不擴大大陸農產品來台；不會開放陸勞。整篇文章表面上批判民進黨對ECFA的扭曲，實際上賴幸媛藉機定調ECFA，若拚命把ECFA說成仙丹妙藥，人民期待越大，失落就越大。
一○年四月，透過媒體專訪，賴幸媛更將ECFA闡釋為具備WTO精神的特殊協議，她說ECFA是小而必要的協議，不是大而全面的自由貿易協定，不應該完全照WTO的通例來走。
賴幸媛在幕後強勢主導
ECFA工作階層的協商，一下子談得太細、太多，台灣經貿團隊沒有議題設定的能力，只在細節上與中國大陸爭奪，讓政府高層們嚇出冷汗。
踩煞車的不只賴幸媛，時任總統馬英九也向經濟部表示：「ECFA的路都走錯了，幸媛是對的。」並指示了具體的做法：協議文本不能放入「正常化」；ECFA要縮小規模。他說，牛肉麵大碗的我們吃不完，還要付大碗的錢，點小碗的就好。
一○年三月三十一日ECFA第二次正式協商於桃園舉行，我方成功地把「小而必要」的概念落實為白紙黑字，中國大陸承諾不要求我方進一步開放大陸農產品輸台；早收清單將不影響台灣的弱勢產業和中小企業；雙方並確認ECFA不涉及開放大陸勞工的議題。賴幸媛公開宣布，民眾最關切的農產品、弱勢產業及勞工問題，該守的都守住了。
在桃園大溪的ECFA協商，中國大陸商務部台港澳司長唐煒與我方經濟部國貿局長黃志鵬主談，但台灣陸委會與大陸國台辦的局處長掌控全局。
兩岸開記者發布會的前一晚，賴幸媛在辦公室待到凌晨，談判團隊談好的新聞稿草稿一次次傳到陸委會，賴幸媛一次次駁回，一直提高我方的要價，直到她滿意為止。
賴幸媛在幕後強勢主導了ECFA的第二次協商，但新聞畫面上，民眾看到的是唐煒與黃志鵬握手，局長層級的協商，喧騰宛若另一個江陳會。 （相關報導： 黃偉哲口中的每年600億元，ECFA到底讓台灣省下多少關稅？ ｜ 更多文章 ）
幕後的角力，時任國台辦主任王毅也扮演關鍵角色，陸委會與國台辦聯手定調ECFA，牽制了台灣經濟部與中國商務部。
