中科三期何去何從，雖然是馬政府的難題，但是中科演變到今天尾大不掉，藍綠的責任一樣大，民進黨更是始作俑者。
扁政府當年為了推動「兩兆三星」計畫，全力開發中科，僅花了10個月就讓友達進駐。民國95年，中科三期由蘇貞昌一手主導，中科后里園區案最後一次審查會議時，時任行政院副院長的蔡英文兩度致電環評委員文魯彬施壓；當時的行政院長蘇貞昌甚至放話， 指台灣環評程序已成為經濟發展的最大「絆腳石」 。
甚至，97年高等行政法院首度判決撤銷環評，拒絕停工並提出上訴的仍是當時主政的民進黨政府。
當然，一向主張開發的國民黨97年勝選上台後，立即概括承受中科三期，最高行政法院雖在99年撤銷中科三期環境影響評估，馬政府的環保署還是趕在99年8月再次做成有條件通過第一階段環評的結論，顯然並未將法院判決當做一回事。
一直到民國103年最高行政法院判決，認為只要對環境有重大影響之虞，就該進入二階環評，不能用採取預防減輕措施或附加條件的方式，以「邊施工邊環評」架空環評法預防原則精神，否則，這一場法院判決、環保署再開環評會的循環鬧劇，可能永無終局。
