1993年，陳永興披上民進黨戰袍，接受徵召參選花蓮縣長。那一年，沈富雄下去幫他助選，第一場講完，到第二場的車程要1個多小時，台下只有10幾個人，演講結束後，沈富雄拉著陳永興喊：「永興啊，不要選了，叫你在台北你不選，花蓮這樣不能選啦。」
陳永興是固執的人，沈富雄這席話，當然沒有勸退他，他後來花了8個月，上山下海走遍花蓮，「我學生時代起，做10多年原住民醫療服務，我也知道我選不上，我沒住過花蓮，但我想花蓮有8萬多原住民，能替原住民做事，我就去了，就是去開拓撒種子，做啟蒙運動。」
走到最後1個星期，陳水扁、謝長廷都來幫忙造勢，看著台下晚會，從當初10幾人，變成1、2萬人，遊行甚至衝到3萬多人，在人口稀疏的花蓮有這樣光景，大家都說「贏定了」，結果開票出來，陳永興拿了4萬5000多票，對手王慶豐有8萬9000多票，幾乎是他的2倍。
「當時國民黨都買票，不只買票，送酒、殺豬，最後開車來載去投票，在車上發錢，人家根本不需要演講、遊行，也只靠一句話，說陳永興是外來的，再怎樣也要選本地的。」場景拉回《民報》辦公室，陳永興回憶起來還是很感嘆。
「國民黨居然說我是外來的！」他深耕反擊奪勝
落選後的陳永興陷入兩難，理論上要回台北，但他心裡卻不甘願，「你國民黨外來政權，居然說我是外來！」於是他又固執了一回，落選反倒還設服務處，不只服務處，還自己買器材，設了花蓮希望之聲電台。
陳永興說，當年媒體都被國民黨壟斷，花蓮報紙只有《更生日報》，他天天都被修理，索性自己弄個地下電台，沒有收入，主持人都找花蓮慈濟、門諾醫院的醫生當志工，他自己也去門諾幫忙看精神科，就這樣做電台、看病、躲警總，這段時間分文未取。
時序來到1995年立委選舉，陳永興再戰後山，這一回他把「外來的」3個字撿起來，當成砲火打回去，「我就跟花蓮人講，門諾是不是外來的？美國人設的；慈濟是不是外來的？證嚴是潭子來的。」
「本地又怎麼樣？國民黨40年，哪一個官員不是花蓮人？結果把花蓮搞成全台灣最落後，本土也很多壞蛋啊，你們為什麼要開Toyota、Benz，不開裕隆？性能比較重要，會做事比較重要，台灣排廢水、搞空污、貪污也都是本地的。」
這一回陳永興成功了，但選上立委後，固執的毛病再度發作，讓他整整3年沒有收入，「當時1個月薪水30萬，我電台1個月花10萬，我花蓮南北2個服務處，一個10萬，我3年立委沒收入，而且一到五在立法院開會，六日一定回去服務。」
「我過3年這種日子。」說著他語調放低，頭低了下來，「這個不只是累，你還會掉眼淚，過年、父母生日都不會回家。」
對民進黨、台聯都失望 陳永興：時力若變質我就不支持
「我在花蓮過這樣的日子，沒什麼怨嘆，我怨嘆是我離開後，民進黨不長進。」他說著激動了起來，頗有恨鐵不成鋼之意，「到今天傅崐萁在花蓮呼風喚雨，有時候傻傻的都沒有用，看到現在政壇，覺得勞力再多也是一場空。」
「我從學生時代走到今天，堅守台灣價值、社會公義、人權保障、文化提升⋯⋯」接著他又想起黨外往事，「我不是為哪個政黨服務，所謂黨外就是無黨籍，戒嚴國民黨專政，當然反抗他，我去花蓮拚生死，民進黨沒給過一毛錢，是我在幫民進黨。」
1998年，不滿時任黨主席許信良的方針，陳永興退出民進黨，而後又加入台聯，選過2次立委，仍是失望離開，來到近幾年，他選擇幫助時代力量，幫忙募集創黨資金，上回議員選舉，鼎力協助宜蘭縣設立黨部，「太太常問我，時代力量以後不會變質嗎？我說可能會，變了我就不支持。」
今年5月，民進黨總統初選打得火熱，陳永興跟律師鄭文龍、台大名譽教授賀德芬、作家金恆煒等人召開記者會，以「青壯世代憂心者」身分，呼籲總統蔡英文放棄連任，而後初選結束，蔡英文出線，前民視董事長郭倍宏等人，意圖籌組喜樂島聯盟，甚至考慮自推總統候選人，另一頭，前總統陳水扁也傳出組黨呼聲。
但就在組黨前夕，陳永興於《民報》發表公開信，指出台派在黨名及選戰策略上，未能取得共識，自己想要整合，卻未能成功，一方面不能放棄《民報》，一方面他身兼門諾基金會董事長，加上心血管疾病纏身，無力參與任何新政黨組黨，僅能給予祝福。
如今，喜樂島未能通過參選總統連署門檻，時代力量則考慮延攬陳永興進入不分區名單，他說自己還在考慮中，目標不是自己進立法院，只是表達支持，「我這麼老，還要到第一線去嗎？ 我希望支持他們，台灣要有監督制衡的力量，至少象徵老一輩有在支持年輕人，我想說我們有台灣本土意識，對台灣年輕人也是支持啦。」
為何不能支持蔡英文？陳永興批：她跟馬英九沒有不一樣
退出民進黨迄今已經過了20年，陳永興坦言，對蔡英文領導下的民進黨，非常失望。「黨內初選我支持賴清德，蔡英文出線我不願意支持，不代表我支持韓國瑜，我批判共產黨比誰還兇，但我不能支持蔡英文，道理也很簡單。」
「第一你初選作弊。」陳永興說著，再度提起對初選的不滿，「改變初選辦法，而且我認為那個民調都是作弊的，民調的母體樣本是怎麼來的？不只我懷疑，很多專家都有質疑，他也是不公平競選，動用所有資源，不管黨內或政府資源。」
「所以道理很簡單，很多人說要含淚投票，韓國瑜是大惡，小英是小惡，兩害相權取其輕，但我說，誰當總統不重要，我們就要選善的，不能鼓勵讓小惡取代大惡，將來小惡也會變大惡，不是這樣。」
放棄蔡英文的理由，陳永興說一方面是東奧正名公投：「她執政後就理想放棄，台獨黨綱不提，對東奧正名運動打壓，把公投都沒收了，這怎麼是民主？你可以告訴選民，有現實困難、有美國的壓力，我都能接受，但不能說放棄，民間做你怎麼可以阻擋？基於民主原則要尊重啊，人民公投要用台灣名字參加比賽，有什麼問題？當初Chinese Taipei，也是蔣家自己要用的，國際奧會叫他用Formosa。」
陳永興痛批，蔡英文基本上，還是藍營思想，「這個中華民國體制跟Chinese Taipei不能動，跟馬英九沒什麼不一樣，只是馬英九會講終極統一，蔡英文不會講，但也不會講終極獨立，就是講維持現狀，維持中華民國，我從學生時代就不認同這個體制，我怎麼接受？」
獨派對扁、英態度大不同？陳永興揭原因⋯⋯
眼前面對2020總統大選，泛綠、獨派仍難以整合，比起2008獨派團結挺扁的態度大不相同，也讓外界疑惑，究竟為何有此差異？
對此陳永興說明：「阿扁畢竟是跟大家一起奮鬥、努力起來的，大家會覺得，這真的是自己人犯了錯，只是有沒有大到要這樣懲罰，可是小英，很多人不認為是自己人。在她進民進黨以前，根本跟獨派沒有淵源，也沒有相同想法，事實上也證明，她的想法跟我們有很大差距。」
其實當年參選花蓮前，陳永興曾被李登輝提名為監察委員。為何他能受李登輝的提名？陳永興說，至少李登輝主張「兩國論」，「我被提名監察委員，在國民大會上，藍營國大問我認不認同中華民國，我說我主張用台灣名義參加聯合國，台下敲桌大罵，我也是堅持我的原則，李登輝氣得半死。」最後他當然沒通過投票。
在他眼裡，蔡英文對轉型正義也不及格。陳永興回憶道，1987年時，當時沒人敢喊恢復二二八真相，他已經與鄭南榕等人，發起二二八公義和平運動，當年甚至還沒有轉型正義這個詞。
批蔡英文轉型正義不及格 陳永興：台灣社會很多鄉愿
「我那時候每場遊行，都被政風部隊包圍、被打，但我那時候就說一定會實現，我不是向國民黨訴求，是向台灣人訴求，你的祖先沒有做錯事，為什麼要說他們是叛徒？二二八要紀念日，不是統治者決定，是人民決定，後來都實現了，到現在只剩加害者沒有出面，像陳文成案、林宅血案加害者都還在，不願意出來道歉。」
「台灣社會很多鄉愿，都說過去的事不要追究，我想包括小英都是這種想法。」陳永興再談對蔡英文轉型正義的不滿，「所以轉型正義不可能做，她不願追究真相，但我是精神科醫師，你過去心理的創傷，就要回頭看清楚，逃避不可能治療，我把台灣社會當一個病人，要把它集體的恐懼拿掉，回到正常的公民社會。」
民眾黨組黨前，柯文哲曾來找陳永興⋯⋯
談到另一頭，台北市長柯文哲自組台灣民眾黨，陳永興表示，當年柯文哲第一次競選時，他幫忙很多，「那時民進黨還沒說要讓他，我們醫界聯盟就去挺，也替他募很多款，募了幾百萬，我們非台大的6桌、台大出6桌，結果我們高醫、北醫6桌到齊，台大只來1桌，台大不願意來，不願意捐錢。」
陳永興坦言，柯文哲跟他仍有互動，「每次被罵很慘就會來講一下，但他很多事沒有講，像還沒決定要不要選總統時，也有來找我，看起來是想選，我說那你要連署，要有後援會，我說『兩岸一家親』的論述，要modify到讓人可以接受。」
結果後來柯文哲選擇先自組政黨，對此陳永興則不甚認同，「你要組織民眾黨，如果找我，我幫他找一些醫界被尊重的人站出來，就不一樣，蔣渭水的民眾黨就是醫生，如果找出一些受尊重的前輩，就很漂亮。」
「我是失敗的理想主義者」 陳永興嘆百年追求一場空
回頭看政壇、看時局，一方面對民進黨失望，另一頭，獨派朋友也無法整合，陳永興感到無奈，「我說我是失敗的理想主義者。」
「我其實是很好的一個精神科醫師，但我一輩子的理想並沒有實現 ，我覺得我是失敗的。」說著他又談回學生時代，「我以前做學生覺醒，就覺得台灣人要是有尊嚴的民族，是主權獨立的國家，這是台灣知識分子共同的夢，但沒有實現。」
他又憶起將近百年前，創立《台灣民報》的那位醫師，「日治時代蔣渭水就追求這個，他們1920年被日本人撲滅，1950年二二八，也是同樣為夢想犧牲了，1980黨外變民進黨，有美麗島事件，2010就是太陽花，30年一代，4代了還沒有實現，也看不到了⋯⋯」
