對於本月17日促轉會無預警派人赴國民黨智庫「國家政策研究基金會」（國政基金會）辦公大樓進行勘查，後續也引發了沒有標示「B1」的地下一樓，可能藏有大量黨史資料之疑慮。國政基金會今（20）日召開記者會痛批，促轉會日前僅憑一紙公文，且未表明目的與身分，就無預警對國政基金會進行查封。對此，國政基金會執行長高永光譴責，「民進黨有些智庫也在研究228，是不是也要去調查跟勘驗一下」，認為促轉會已違反了「程序正義」。
高永光指出，國政基金會早在2000年時就已經成立，並非促轉條例當中的適用對象，而之所以促轉會質疑國政基金會藏有228歷史資料，僅只是因為國民黨黨主席吳敦義為掛名董事長。高永光因此痛批，若要按照這樣的邏輯，促轉會自己也應該先調查掛有歷任民進黨黨主席名字的基金會，質疑這是政治操作，比殘暴的法令還要可怕。
「看不見轉型正義，只看見了恐怖主義」
國政基金會召集人何展旭也還原事發當天情形指出，當日下午有5位自稱促轉會的人員踏入國政基金會，僅以一紙公文要求進行勘驗、調查，但自己卻完全未表明其身分與職稱，並對於相關問題一概不回答。何更表示，他現場詢問促轉會人員是否只要有「擅自認定嫌疑」的團體，受調查單位就有義務要隨時隨地配合並接受促轉會的調查，沒想到對方竟回答「對」，何展旭對此感嘆「看不見轉型正義，只看見了恐怖主義。」
而對於未標示「B1」的地下一樓爭議，何展旭也解釋，地下一樓的夾層只是一個儲藏室與音控室而已。並開放現場媒體於大樓進行參觀，調查後並沒有發現任何文件存放。
