自吳茂昆擔任教育部長，對面立法院備詢，吳茂昆若非請假，就是在備詢之後，公器私用，其個人過去公務員時期的爭議，卻要教育部國家官員為其發出聲明。24日下午，吳茂昆公器私用再添一樁，聲明內容全部無涉國家教育政策、方法或願景。且由行政院發言人徐國勇的發言即知，吳茂昆仍是備受民進黨高層寵愛；「關係」變成求官的最好利器。
吳茂昆擔任東華大學校長共四年又多兩天（2012年1月19日至2016年1月20日）的期間，共請假在外553天4小時。光這個請假日數，就夠讓全國上班族羨慕不已，但任何有羞恥心的人，恐怕都很難讓自己遠離工作崗位這麼久。到目前為止，公開已知吳茂昆無涉東華校務的事務有：十多個董事兼職（擔任慶富集團陳水來文教基金會董事、財團法人信義文教基金會董事…）、「國立海洋科技博物館新建營運移轉案」的協調委員、經營商業（還遠至美國成立師沛恩公司）。這樣的外務補滿了吳茂昆553.5天的請假嗎？恐怕還有更多未爆彈。
公器私用的吳茂昆辯稱：「差假皆為公差。包括國內外會議、擔任評審、洽談產學合作案等」，這並沒有區辨其中包含多少無涉東華校務的公差。但是，教育部表示，吳茂昆「差旅費主要均由其他相關機關或計畫經費支應」，甚至在2012年，吳茂昆被東華大學要求繳回33,185元旅費。由「差旅費動支」可以推測，吳茂昆在擔任東華校長時的國內外會議、擔任評審、洽談產學合作案，多數與東華大學無關，並且，吳茂昆的差旅費疑似在不同機關重覆支領，遭東華大學發現而被迫繳回。因此，說吳茂昆無心校務卻不放過任一分錢，並不為過。
其中之兼職行為，全數在吳茂昆擔任東華校長期間違法先上車而後補票（另有以公務員身分未依法申報逕至中國。本文不論）。國立大學校長是教育部聘公務員，為大學法第九條明文。依公務員服務法第14-2條及第14-3條之規定，機關首長之兼職，無論是否以營利為目的（亦含徐國勇以發言人身分稱之所謂「該基金會屬公益性質」），均應經上級主管機關教育部許可。這也是為什麼2015年8月14日吳茂昆在工作日不假陪蔡英文跑選舉行程之後，國立東華大學緊急向教育部申請兼職許可，有教育部2015年9月7日台教人(二)字第1040116733號函為證。彼時吳茂昆早已違法兼職超過兩年之久，但教育部逕讓吳茂昆之違法兼職就地合法。有教育部為幫凶，吳茂昆當然更沒有必要把公務員服務法看在眼裡。 （相關報導： 風評：法律屈從權力，沒有傳票的傳喚會留下印記 ｜ 更多文章 ）
就吳茂昆553.5日之請假日數來看，吳任東華大學校長時，第一年有160日1小時請假在外，自肥至年薪近500萬；第二年有142日5小時，還是自肥至年薪近500萬；第三年143日7小時，持續自肥至年薪近500萬。吳茂昆原以為第四年自肥在望，不料在第三年年底，監察院令吳茂昆吐出溢領的176萬4516元之後（調查報告：103教調52），吳茂昆第四年請假在外果然降低為107日7小時（仍是讓巿井小民遙不可及的請假日數）。若以一年240日工作日來計算（5天*52週=260天，再扣掉春節、春假等國定假日，以240日計。因此，寒暑假工作日均已算入），吳茂昆擔任東華校長的請假百分比，在監察院調查報告出爐之後，由66.7%降至45%。若無監察院的糾彈職權，就無法讓吳茂昆必須忍痛將錢從口袋掏出。
