針對食安議題，馬英九總統讚政院快速開會因應，並把砲火指向民進黨長期執政的屏東縣。民進黨主席蔡英文10日受訪時則酸馬，「把行政院快速開會這件事情，當作一個政府表現值得稱讚的事情，顯然總統對於事情本質的理解發生錯誤。」
蔡英文也替屏東縣政府緩頰，「屏東縣政府有無相關責任有待釐清，但中央政府沒有完整建置系統、沒有投入必要的人力、資源，地方政府能做的事情其實滿有限的。」她還強調，中央政府要找地方政府和專家好好談，「這事不能閉門造車！」
馬英九刻意把矛頭指向屏東縣政府，蔡英文10日上午在南投受訪時則反批中央，「過去一段時間，中央政府應該要警覺到這個問題，造成社會嚴重衝擊，讓社會極度不安，去年就發生類似事情，今年依然發生，沒看到政府機制，處理、管理系統，有任何讓人感到安心的地方。」
對馬英九盛讚政院快速開會因應，蔡則說，問題核心不是行政院在多短時間內開會，而是食安問題已讓台灣社會感到不安很久了，而立院也試圖幫忙，通過相關立法，沒看到行政部門對食安問題有通盤解決方案。
蔡英文強調，食安問題有兩個重點：第一，中央政府沒有做整體性整合規劃，和風險管理機制的建立，造成整個食安管理，只有點的管理，沒有一個全面性的管理，所以在不同環節會出現不同問題，補了一個問題，但另一個地方又出問題，「顯示政府在食安問題上，管理機制跟系統沒有建置完成，這是早就要做的事，一直拖延到現在沒有完成。」
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