在中央流行疫情指揮中心宣布首例英國變種病毒株的境外移入確診案例後，總統府30日宣布，元旦升旗典禮流程按照原規劃進行，但僅有政府官員暨受邀賓客現場觀禮，取消民眾進場觀禮。總統蔡英文31日下午前往衛生福利部疾病管制署，慰勉「中央流行疫情指揮中心」防疫同仁，感謝他們1年來的辛勞與付出。
總統府發言人張惇涵30日透過聲明表示，因應疫情最新狀況，基於更為嚴謹的防疫考量，並貫徹落實防疫工作，總統府經與中央流行疫情指揮中心研議後，將取消民眾進場觀禮、總統府開放參觀活動也因應防疫考量而取消。而以台南市長黃偉哲為首的民進黨縣市首長，也先後宣布跨年活動、元旦升旗活動取消。
總統府表示，蔡英文首先抵達「國家衛生指揮中心」，並帶來甜湯與巧克力，特別為防疫團隊加油打氣，隨後也逐層前往疾管署各單位與同仁合影，並加油打氣。
該行程除蔡英文外，包括衛福部長暨中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中、專家諮詢小組召集人張上淳、疾病管制署署長周志浩等均陪同參與。
