中央流行疫情指揮中心為中華民國國家衛生指揮中心下屬之中央層級任務編組,依據傳染病防治法第17條,由衛生福利部及疾病管制署視疫情嚴重程度報請行政院同意成立。該單位與生物病原災害中央災害應變中心等編組結合,負責因應傳染病大流行。自2005年起,針對登革熱、腸病毒、H1N1、H5N6、H7N9、狂犬病、茲卡病毒及嚴重特殊傳染性肺炎等疫情,該中心已累計開設9次,並由行政院指派指揮官執行各項防疫動員與應變工作。
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